| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,304,452 | Δ1 bp | 3.8% | coding (619/909 nt) | oppC → | oligopeptide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,304,452 | 0 | T | . | 3.8% | 378.5 / 6.0 | 106 | coding (619/909 nt) | oppC | oligopeptide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/58); new base . (2/2); total (46/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
ACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATGGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGATGCCCTCGACCCGAAAGATCG > NC_000913/1304169‑1304738 | acgggtggCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATGGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCggg < 2:259161/285‑1 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aCATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGCGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGACTCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAATTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCCACTTTAACGGCGATGGCTTCCGTGATGCCTCGGACCCGAAAgccc > 1:216979/1‑286 (MQ=255) cttCGGGCATTGTTGTTCGCACCATTGTGCCGAGTGTACTCGGTGTGTGGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCATCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCGTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGATGCCCTCGACCCGAAAGATCg < 1:366461/287‑1 (MQ=255) | ACTGGTGGCTGTGGTCGTCGGGACACTTTATGGTTCGCTTTCCGGTTATCTGGGCGGTAAAGTGGATTCGGTAATGATGCGTCTGCTGGAAATCCTCAACTCCTTCCCATTCATGTTCTTCGTCATTTTGCTGGTGACCTTTTTCGGTCAAAACATCCTGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCGCGAACTCGATGGAAGTCTCTCCATGGTTATTGTTGTTCCCAGCGGGATTCCTCGTGGTGACGCTGTTTTGTTTCAACTTTATCGGCGATGGCTTGCGTGATGCCCTCGACCCGAAAGATCG > NC_000913/1304169‑1304738 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |