| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,238,767 | T→C | 3.1% | S399S (TCT→TCC) | dadA → | D‑amino acid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,238,767 | 0 | T | C | 3.1% | 476.8 / 2.8 | 136 | S399S (TCT→TCC) | dadA | D‑amino acid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/70); new base C (3/2); total (63/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
ACCGCATTCGTGTTGGCGGAATGGCGGAGATTGTTGGTTTTAATACCGAGCTGTTGCAACCGCGTCGTGAAACGCTGGAGATGGTGGTTCGCGATCTCTATCCACGCGGCGGTCATGTCGAGCAGGCGACTTTCTGGACTGGT‑CTGCGCCCGATGACGCCAGACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATC‑TGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCATCACGTCCGGGCCATTTACATGGCGCACACAGCTAAGGAAACGAGATGACCCGTCCGATACAGGCCAGCCTCGATCTGCAGGCATTAAAACAGAATCTGTCCATTGTCCGCCAGGCCGCGACGCACGCGCGCGTCTGGTCGGTGGTAAAAGCGAACGCTTACGGGCATGGTATTGAGCGTATCTGGAGCGCGATCGGGGCCACCGATGGCTTTGCATTGCTT > NC_000913/1238487‑1239055 | aCCGCATTCGTGTTGGCGGAATGGCGGAGATTGTTGGTTTTAATACCGAGCTGTTGCAACCGCGTCGTGAAACGCTGGAGATGGTGGTTCGCGATCTCTATCCACGCGGCGGTCATGTCGAGCAGGCGACTTTCTGGACTGGT‑CTGCGCCCGATGACGCCAGACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATC‑TGCTCTCTGGTCGCAc < 2:197085/289‑1 (MQ=255) ttCGTGTTGGCGGAATGGCGGAGATTGTTGGTTTTAATACCGGGCTGTTGCAACCGCGTCGTGAAACGCTGGAGATGGTGGTTCGCGATCTCTATCCACGCGGCGGTCATGTCGAGCAGGCGACTTTCTGGACTGGT‑CTGCGCCCGATGACGCCAGACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATC‑TGCTCTCTGGTCGCACGCCAGc < 2:380033/289‑1 (MQ=255) tCGTGGTGGCGGAATGGCGGGGATTGTTGGTTTTAATACCGAGCTGTTGCAACCGCGGCGGGAAACGCTGGAGATGGTGGTTCGCGATCTCTATCCACGCGGCGGTCATGTCGAGCAGGCGACTTTCTGGACTGGT‑CTGCGCCCGATGACGCCAGACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATC‑TGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCg < 1:182215/289‑1 (MQ=255) gtgggCGGAATGGCGGAGATTGTTGGTTTTAATACCGAGCTGTTGCAACCGCGTCGTGAAACGCTGGAGATGGTGGTTCGCGATCTCTATCCACGCGGCGGTCATGTCGAGCAGGCGACTTTCTGGACTGGT‑CTGCGCCCGATGACGCCAGACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATC‑TGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATc < 2:355921/285‑1 (MQ=255) 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ctGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCATCACGTCCGGGCCATTTACATGGCGCACACAGCTAAGGAAACGAGATGACCCGTCCGATACAGGCCAGCCTCGATCTGCAGGCATTAAAACAGAATCTGTCCATTGTCCGCCAGGCCGCGACGCACGCGCGCGTCTGGTCGGTGGTAAAAGCGAACGCTTACGGGCATGGTATTGAGCGTATCTGGAGCGCGATCGGGGCCACCGATGGCTTTGCATTGCt < 1:484239/289‑1 (MQ=255) ctGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCATCACGTCCGGGCCATTTACATGGCGCACACAGCTAAGGAAACGAGATGACCCGTCCGATACAGGCCAGCCTCGATCTGCAGGCATTAAAACAGAATCTGTCCATTGTCCGCCAGGCCGCGACGCACGCGCGCGTCTGGTCGGTGGTAAAAGCGAACGCTTACGGGCATGGTATTGAGCGTATCTGGAGCGCGATCGGGGCCACCGATGGCTTTGCATTGCt < 2:259816/289‑1 (MQ=255) tGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCATCACGTCCGGGCCATTTACATGGCGCACACAGCTAAGGAAACGAGATGACCCGTCCGATACAGGCCAGCCTCGATCTGCAGGCATTAAAACAGAATCTGTCCATTGTCCGCCAGGCCGCGACGCACGCGCGCGTCTGGTCGGTGGTAAAAGCGAACGCTTACGGGCATGGTATTGAGCGTATCTGGAGCGCGATCGGGGCCACCGATGGCTTTGCATTGCtt > 1:737500/1‑289 (MQ=255) | ACCGCATTCGTGTTGGCGGAATGGCGGAGATTGTTGGTTTTAATACCGAGCTGTTGCAACCGCGTCGTGAAACGCTGGAGATGGTGGTTCGCGATCTCTATCCACGCGGCGGTCATGTCGAGCAGGCGACTTTCTGGACTGGT‑CTGCGCCCGATGACGCCAGACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATC‑TGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCATCACGTCCGGGCCATTTACATGGCGCACACAGCTAAGGAAACGAGATGACCCGTCCGATACAGGCCAGCCTCGATCTGCAGGCATTAAAACAGAATCTGTCCATTGTCCGCCAGGCCGCGACGCACGCGCGCGTCTGGTCGGTGGTAAAAGCGAACGCTTACGGGCATGGTATTGAGCGTATCTGGAGCGCGATCGGGGCCACCGATGGCTTTGCATTGCTT > NC_000913/1238487‑1239055 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |