| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,327,132 | C→T | 3.4% | G342G (GGC→GGT) | atoB → | acetyl‑CoA acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,327,132 | 0 | C | T | 3.4% | 405.8 / 3.2 | 117 | G342G (GGC→GGT) | atoB | acetyl‑CoA acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/60); new base T (2/2); total (55/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CGCGTCTGGTATTAACGACGGTGCTGCCGCTCTGGTGATTATGGAAGAATCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCATCCTATCGGTGCCAGTGGTGCTCGTATTCTGGTCACACTATTACATGCCATGCAGGCACGCGATAAAACGCTGGGGCTGGCAACACTGTGCATTGGCGGCGGTCAGGGAATTGCGATGGTGATTGAACGGTTGAATTAATCAATAAAAACACCCGATAGCGAAAGTTATCGGGTGTTTTCTTGAACATCGACGGCGAAGGTAACCCCATTAATCACCAGTCAAAACTTTTCACCAGCGTCAGCTCGCCAGCATTACGCATCGGTACAA > NC_000913/2326844‑2327420 | cgcgTCTGGTATTAACGACGGTGCTGCCGCTCTGGTGATTATGGAAGAATCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAAcggc < 2:89544/289‑1 (MQ=255) aaCGACGGTGCTGCCGCTCTGGTGATTATGGAAGAATCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATcgcg > 2:433098/1‑288 (MQ=255) acaacgGTGCTGCCCGTCGGGTGATTATGGAAGAATCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCt < 1:433098/286‑1 (MQ=255) cgGTGCTGCCGCTCTGGTGATTATGGAAGAATCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCggg < 1:592452/289‑1 (MQ=255) ggTGCTGCCGCTCTGGTGATTATGGAAGAATCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCggg > 1:445748/1‑288 (MQ=255) gctgcCGCTCTGGTGATTATGGAAGAATCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCATc < 2:876032/289‑1 (MQ=255) ctGGTGATTATGGAAGAATCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCa > 2:291729/1‑278 (MQ=255) ctGGTGATTATGGAAGAATCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCa < 1:291729/278‑1 (MQ=255) ctGGTGATTATGGAAGAATCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCATGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCATCCTATCGGTg > 1:325175/1‑289 (MQ=255) ggTGATTATGGAAGAATCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCATCCTATCGGTGcc > 1:662420/1‑289 (MQ=255) aagaaTCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCATCCTATCGGTGCCAgtgg < 1:856059/283‑1 (MQ=255) aagaaTCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCATCCTATCGGTGCCAgtgg > 2:856059/1‑283 (MQ=255) aagaaTCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCATCCTATCGGTGCCAGTGGTGCTCg > 2:751490/1‑289 (MQ=255) aagaaTCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCCCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGGGTCCGGTCATCCCTACGGTCCCagtagtctccg > 1:56137/1‑284 (MQ=255) aaTCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCATCCTATCGGTGCCAGTGGTGCTCGTAt > 2:301813/1‑289 (MQ=255) aTCTGTGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCATCCTATCGGTGCCAGTGGTGCTCGTAtt < 1:223813/289‑1 (MQ=255) aTCTGCGGCGCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCATCCTATCGGTGCCAGTGGTGCTCGTAtt < 1:544487/289‑1 (MQ=255) ggggcTGGCAGCAGGCCTGTCCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCATCCTATCGGTGCCAGTGGTGCTCGTATTCTGGt < 1:678361/285‑1 (MQ=255) ggcgCTGGCAGCAGGCCTTACCCCCCTGGCTCGCATTAAAAGTTATGCCAGCGGTGGCGTGCCCCCCGCATTGATGGGTATGGGGCCAGTACCTGCCACGCAAAAAGCGTTACAACTGGCGGGGCTGCAACTGGCGGATATTGATCTCATTGAGGCTAATGAAGCATTTGCTGCACAGTTCCTTGCCGTTGGGAAAAACCTGGGCTTTGATTCTGAGAAAGTGAATGTCAACGGCGGGGCCATCGCGCTCGGGCATCCTATCGGTGCCAGTGGTGCTCGTATTCTGGt < 2:745307/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |