| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,478,543 | C→T | 5.1% | F233F (TTC→TTT) | dsdX → | D‑serine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,478,543 | 0 | C | T | 5.1% | 274.7 / 2.8 | 79 | F233F (TTC→TTT) | dsdX | D‑serine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/36); new base T (2/2); total (41/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
TCATTATTAAAGCTTGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTCTATTGCTAATATTTTGCTGATTATCGGGGCCGGAGGCGCATTCAACGCCATTTTAAAAAGCAGCAGTCTC > NC_000913/2478259‑2478825 | tCATTATTAAAGCTTGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCa < 2:30759/289‑1 (MQ=255)tCATTATTAAAGCTTGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCa < 1:349241/289‑1 (MQ=255) tGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCAtt > 2:779683/1‑289 (MQ=255) tGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCAtt > 2:545731/1‑289 (MQ=255) tGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATAATGCTACCCAtt > 2:821684/1‑289 (MQ=255) cATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTgcg < 1:17568/289‑1 (MQ=255) cATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAAc > 2:415696/1‑289 (MQ=255) cATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAAc > 2:521898/1‑289 (MQ=255) cATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACAATACCGTCATTCGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGATGATGTTGGTTCAAAc > 1:458660/1‑289 (MQ=255) tGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGAt > 2:401805/1‑289 (MQ=255) tGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGAt > 2:198136/1‑289 (MQ=255) aTGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATa < 1:703194/252‑1 (MQ=255) aTGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATa > 2:703194/1‑252 (MQ=255) aTGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGAtt > 2:867587/1‑288 (MQ=255) gtcAGTGCGCTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGcc < 2:204325/287‑1 (MQ=255) aGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTTACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGaa > 1:690352/1‑289 (MQ=255) gTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAAt > 2:221704/1‑289 (MQ=255) tGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCa < 1:375387/255‑1 (MQ=255) tGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCa > 2:375387/1‑255 (MQ=255) 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catggcagtgatagggTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGtt < 2:723110/274‑1 (MQ=255) tGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGtt < 2:266505/289‑1 (MQ=255) gTTGCCAATAAGCTGGTCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTg < 1:247337/289‑1 (MQ=255) 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TCATTATTAAAGCTTGCCATTCCGCTATGTACCGCATTGATGGCAGTGCACTGCGTGGTTCCTCCACATCCGGCTGCTTTATATGTTGCCAATAAGCTGGGCGCAGATATCGGTTCGGTGATCGTCTACGGTTTGCTGGTTGGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTCTATTGCTAATATTTTGCTGATTATCGGGGCCGGAGGCGCATTCAACGCCATTTTAAAAAGCAGCAGTCTC > NC_000913/2478259‑2478825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |