Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,032,961 | T→C | 4.7% | intergenic (+21/‑102) | yqfG → / → idi | uncharacterized protein/isopentenyl diphosphate isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,032,961 | 0 | T | C | 4.7% | 301.4 / 2.5 | 85 | intergenic (+21/‑102) | yqfG/idi | uncharacterized protein/isopentenyl diphosphate isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/39); new base C (2/2); total (44/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTGCTGAACGTCTTCTTTAATGGCTATCAGCATCATGCTGACCTGGTGAAGGAATCCGTCTCTGATAAAGATTTAAAAGTCAGGACAGTACGTATGTGGCTTCTGATGCGCAAGCTGAAGAAAAATGAGCATGGAGAATAATATGAATTTTTTAATGCGCGCTATATTCAGTCTGTTGTTGCTTTTTACTCTCTCTATTCCTGTCATTTCTGACTGTGTTGCAATGGCCATTGAAAGTCGCTTCAAATATATGATGCTACTTTTTTAAATGGTTTTTACCTGTCGGCATCCGCTCAAAACGGGCGGTTGTCGATAAACGCTCACTTGGTTAATCATTTCACTCTTCAATTATCTATAATGATGAGTGATCAGAATTACATGTGAGAAATTATGCAAACGGAACACGTCATTTTATTGAATGCACAGGGAGTTCCCACGGGTACGCTGGAAAAGTATGCCGCACACACGGCAGACACCCGCTTACATCTCGCGTTCTCCAGTTGGCTGTTTAATGCCAAAGGACAATTATTAGTTACCCGCCGCGCACTGAGCAAAAAAGCATGGCCTGGCGTGTGGA > NC_000913/3032673‑3033249 | gtgCTGAACGTCTTCTTTAATGGCTATCAGCATCATGCTGACCTGGTGAAGGAATCCGTCTCTGATAAAGATTTAAAAGTCAGGACAGTACGTATGTGGCTTCTGATGCGCAAGCTGAAGAAAAATGAGCATGGAGAATAATATGAATTTTTTAATGCGCGCTATATTCAGTCTGTTGTTGCTTTTTACTCTCTCTATTCCTGTCATTTCTGACTGTGTTGCAATGGCCATTGAAAGTCGCTTCAAATATATGATGCTACTTTTTTAAATGGTTTTTACCTGTCGGCAt < 1:289345/289‑1 (MQ=255) cttcttTAATGGCTATCAGCATCATGCTGACCTGGTGAAGGAATCCGTCTCTGATAAAGATTTAAAAGTCAGGACAGTACGTATGTGGCTTCTGATGCGCAAGCTGAAGAAAAATGAGCATGGAGAATAATATGAATTTTTTAATGCGCGCTATATTCAGTCTGTTGTTGCTTTTTACTCTCTCTATTCCTGTCATTTCTGACTGTGTTGCAATGGCCATTGAAAGTCGCTTCAAATATATGATGCTACTTTTTTAAATGGTTTTTACCTGTCGGCATCCGCTCAAAAc > 2:658856/1‑289 (MQ=255) cttTAATGGCTATCAGCATCATGCTGACCTGGTGAAGGAATCCGTCTCTGATAAAGATTTAAAAGTCAGGACAGTACGTATGTGGCTTCTGATGCGCAAGCTGAAGAAAAATGAGCATGGAGAATAATATGAATTTTTTAATGCGCGCTATATTCAGTCTGTTGTTGCTTTTTACTCTCTCTATTCCTGTCATTTCTGACTGTGTTGCAATGGCCATTGAAAGTCGCTTCAAATATATGATGCTACTTTTTTAAATGGTTTTTACCTGTCGGCATCCGCTCAAAACggg < 2:358445/289‑1 (MQ=255) aTCAGCATCATGCTGACCTGGTGAAGGAATCCGTCTCTGATAAAGATTTAAAAGTCAGGACAGTACGTATGTGGCTTCTGATGCGCAAGCTGAAGAAAAATGAGCATGGAGAATAATATGAATTTTTTAATGCGCGCTATATTCAGTCTGTTGTTGCTTTTTACTCTCTCTATTCCTGTCATTTCTGACTGTGTTGCAATGGCCATTGAAAGTCGCTTCAAATATATGATGCTACTTTTTTAAATGGTTTTTACCTGTCGGCATCCGCTCAAAACGGGCGGTTGTCGAt > 2:736125/1‑289 (MQ=255) atcatGCTGACCTGGTGAAGGAATCCGTCTCTGATAAAGATTTAAAAGTCATGACAGTACGTATGTGGCTTCTGATGCGCAAGCTGAAGAAAAATGAGCATGGAGAATAATATGAATTTTTTAATGCGCGCTATATTCAGTCTGTTGTTGCTTTTTACTCTCTCTATTCCTGTCATTTCTGACTGTGTTGCAATGGCCATTGAAAGTCGCTTCAAATATATGATGCTACTTTTTTAAATGGTTTTTACCTGTCGGCATCCGCTCAAAACGGGCGGTTGTCGATAAACg < 2:175048/288‑1 (MQ=255) atcatGCTGACCTGGTGAAGGAATCCGTCTCTGATAAAGATTTAAAAGTCAGGACAGTACGTATGTGGCTTCTGATGCGCAAGCTGAAGAAAAATGAGCATGGAGAATAATATGAATTTTTTAATGCGCGCTATATTCAGTCTGTTGTTGCTTTTTACTCTCTCTATTCCTGTCATTTCTGACTGTGTTGCAATGGCCATTGAAAGTCGCTTCAAATATATGATGCTACTTTTTTAAATGGTTTTTACCTGTCGGCATCCGCTCAAAACGGGCGGTTGTCGATAAACg < 2:489625/288‑1 (MQ=255) tcatGCTGACCTGGTGAAGGAATCCGTCTCTGATAAAGATTTAAAAGTCAGGACAGTACGTATGTGGCTTCTGATGCGCAAGCTGAAGAAAAATGAGCATGGAGCATAATATGAATTTTTTAATGCGCGCTATATTCAGTCTGTTGTTGCTTTTTACTCTCTCTATTCCTGTCATTTCTGACTGTGTTGCAATGGCCATTGAAAGTCGCTTCAAATATATGATGCTACTTTTTTAAATGGTTTTTACCTGTCGGCATCCGCTCAAAACGGGCGGTTGTCGATAAACGc > 1:781481/1‑288 (MQ=255) aCCTGGTGAAGGAATCCGTCTCTGATAAAGATTTAAAAGTCAGGACAGTACGTATGTGGCTTCTGATGCGCAAGCTGAAGAAAAATGAGCATGGAGATTAATATGAATTTTTTAATGCGCGCTATATTCAGTCTGTTGTTGCTTTTTACTCTCTCTATTCCTGTCATTTCTGACTGTGTTGCAATGGCCATTGAAAGTCGCTTCAAATATATGATGCTACTTTTTTAAATGGTTTTTACCTGTCGGCATCCGCTCAAAACGGGCGGTTGTCGATAAACGCTCACTTGGt > 2:76319/1‑289 (MQ=255) aCCTGGTGAAGGAATCCGTCTCTGATAAAGATTTAAAAGTCAGGACAGTACGTATGTGGCTTCTGATGCGCAAGCTGAAGAAAAATGAGCATGGAGAATAATATGAATTTTTTAATGCGCGCTATATTCAGTCTGTTGTTGCTTTTTACTCTCTCTATTCCTGTCATTTCTGACTGTGTTGCAATGGCCATTGAAAGTCGCTTCAAATATATGATGCTACTTTTTTAAATGGTTTTTACCTGTCGGCATCCGCTCaaaa > 1:786900/1‑259 (MQ=255) aCCTGGTGAAGGAATCCGTCTCTGATAAAGATTTAAAAGTCAGGACAGTACGTATGTGGCTTCTGATGCGCAAGCTGAAGAAAAATGAGCATGGAGAATAATATGAATTTTTTAATGCGCGCTATATTCAGTCTGTTGTTGCTTTTTACTCTCTCTATTCCTGTCATTTCTGACTGTGTTGCAATGGCCATTGAAAGTCGCTTCAAATATATGATGCTACTTTTTTAAATGGTTTTTACCTGTCGGCATCCGCTCaaaa < 2:786900/259‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |