| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,407,487 | A→G | 4.4% | D278G (GAC→GGC) | rnr → | exoribonuclease R, RNase R |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,407,487 | 0 | A | G | 4.4% | 310.5 / 2.8 | 90 | D278G (GAC→GGC) | rnr | exoribonuclease R, RNase R |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/44); new base G (2/2); total (44/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
TGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAGCGGTGGGTAAAATCGTCGAAGTGCTGGGCGACAATATGGGCACCGGCATGGCGGTTGATATCGCTCTGCGTACCCATGAAATTCCGTACATCTGGCCGCAGGCTGTTGAGCAACAGGTTGCCGGGCTGAAAGAAGAAGTGCCGGAAGAAGCAAAAGCGGGCCGTGTTGATCTGCGCGATTTACCGCTGGTCACCATTGATGGCGAAGACGCCCGTGACTTTGACGATGCAGTTTACTGCGAGAAAAAACGCGGCGGCGGCTGGCGTTTATGGGTCGCGATTGCCGACGTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTCGGTGTACTTCCCTTCGCAGGTTATCCCGATGCTGCCGGAAGTGCTCTCTAACGGCCTGTGTTCGCTCAACCCGCAGGTAGACCGCCTGTGTATG‑‑GTGTGCGAGATGACGGTTTCGTCGAAAGGCCGCCTGACGGGCTACAA > NC_000913/4407205‑4407760 | tGGGCGCGCGGATGGGCTTTTTGGTCGTAGTCGAACTGACCCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAGCGGTGGGTAAAATCGTCGAAGTGCTGGGCGACAATATGGGCACCGGCATGGCGGTTGATATCGCTCTGCGTACCCATGAAATTCCGTACATCTGGCCGCAGGCTGTTGAGCAACAGGTTGCCGGGCTGAAAGAAGAAGTGCCGGAAGAAGCAAAAGCGGGCCGTGTTGATCTGCGCGATTTACCGCTGGTCACCATTGATGGCGAAGACGCCCGTGACTTTGa < 2:182259/289‑1 (MQ=255) ggCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAGCGGTGGGTAAAATCGTCGAAGTGCTGGGCGACAATATGGGCACCGGCATGGCGGTTGATATCGCTCTGCGTACCCATGAAATTCCGTACATCTGGCCGCAGGCTGTTGAGCAACAGGTTGCCGGGCTGAAAGAAGAAGTGCCGGAAGAAGCAAAAGCGGGCCGTGTTGATCTGCGCGATTTACCGCTGGTCACCATTGATGGCGAAGACGCCCGTGGCTTTGACg > 2:207390/1‑289 (MQ=255) gggcgGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACGGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAGCGGTGGGTAAAATCGTCGAAGTGCTGTGCGACAATATGGGCACCGGCATGGCGGTTGATATCGCTCTGCGTACCCATGAAATTCCGTACATCTGGCCGCAGGCTGTTGAGCAACAGGTTGCCGGGCTGAAAGAAGAAGTGCCGGAAGAAGCAAAAGCGGGCCGTGTTGATCTGCGCGATTTACCGCTGGTCACCATTGATGGCGAAGACGCCCGTGACTTTGACGAt < 2:494620/286‑1 (MQ=255) cgcgGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAGCGGTGGGTAAAATCGTCGAAGTGCTGGGCGACAATATGGGCACCGGCATGGCGGTTGATATCGCTCTGCGTACCCATGAAATTCCGTACATCTGGCCGCAGGCTGTTGAGCAACAGGTTGCCGGGCTGAAAGAAGAAGTGCCGGAAGAAGCAAAAGCGGGCCGTGTTGATCTGCGCGATTTACCGCTGGTCACCATTGATGGCGAAGACGCCCGTGACTTTGACGATg > 2:313559/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |