New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1417458 = | 62 (1.130) | 4 (0.080) | 4/264 | 7.3 | 6.3% | intergenic (‑72/+30) | recE/racC | Rac prophage, exonuclease VIII, 5' to 3' specific dsDNA exonuclease/Rac prophage, uncharacterized protein |
? | NC_000913 | 1417483 = | 61 (1.200) | intergenic (‑97/+5) | recE/racC | Rac prophage, exonuclease VIII, 5' to 3' specific dsDNA exonuclease/Rac prophage, uncharacterized protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCA > NC_000913/1417319‑1417599 | aGGACGCCGTCAGGTCCACCGGATGATTTTTTCCCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTCACCGCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAg < 2:135216/143‑1 (MQ=255) gacgacGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGcc < 1:751244/143‑1 (MQ=255) acgTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACAGTGTTCCTAGcgcgcg > 1:108953/1‑138 (MQ=255) cgTCAGGTTCAGCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTGAACCTCAACTCGGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTgcgc < 1:730260/143‑1 (MQ=255) cgTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTgcgc < 2:280405/143‑1 (MQ=255) ggTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTgcgtatggc < 2:715892/143‑7 (MQ=255) gTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACAGTGTTCATAGCCTGCTCCCTACg > 2:76205/1‑143 (MQ=255) aCCGGATGATTGTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTGTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAgg < 1:512640/143‑1 (MQ=255) ttttttCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTCAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCTGGCtctttctt > 2:817061/1‑143 (MQ=255) tttttCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTAtttcttt < 2:912347/143‑1 (MQ=255) ttttCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCACACGCAGGCTAtttctttc > 1:584397/1‑143 (MQ=255) tttCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCa > 1:335704/1‑143 (MQ=255) cGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTATAATTCGTTTTGTTCAGTGAATCATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGAt < 1:743792/143‑1 (MQ=255) cTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCCGGCTATTTCCTTCAGAttt > 2:808688/1‑143 (MQ=255) cTTTCCGTAAAATGAAGTGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTACCCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGAttt < 2:128393/143‑1 (MQ=255) aaCAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCtttt < 2:655268/143‑1 (MQ=255) aGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAAt < 2:206954/143‑1 (MQ=255) aGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAAt > 1:720406/1‑143 (MQ=255) gagTGGTTTTGTGCTCATGGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCAt < 2:802874/143‑1 (MQ=255) gTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGTAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAGTTTCATTGCaa > 2:899791/1‑143 (MQ=255) ttGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTa > 1:367862/1‑143 (MQ=255) tgCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTtgag > 2:147908/1‑143 (MQ=255) cTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTGGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATGCGCAGGCTATTTCGTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATGGCAATTAGAGtt > 1:366944/1‑143 (MQ=255) ttGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCa > 1:390009/1‑143 (MQ=255) ttGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTAAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTACTTTCATTTCATTTAGAGTTGCCa > 2:42100/1‑143 (MQ=255) ttGTTTTTGGACCTCAACTCAGATCAAAATACGGTTTGTTCAGTGAATGCTCTTGCCGGATACACACTGTTCTTAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCCTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCa < 2:745305/143‑1 (MQ=255) tGTTTTTTAACCTCAACTCAGTTTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAg < 2:385945/143‑1 (MQ=255) ttttttAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCCGaa > 2:732258/1‑143 (MQ=255) ttAACCTCAACTCAGTTTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTc < 1:656774/143‑1 (MQ=255) tAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAACTTCg > 1:898604/1‑143 (MQ=255) aaCCTCAACTCCGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCgg < 1:231619/143‑1 (MQ=255) aaCCTCAACGCAGATTCAAATTCGTTTTGTTCTGCGCGTCATCTGGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTGCAGATTCCACCTTGTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCgg < 1:418408/143‑1 (MQ=255) ccTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑t < 2:335704/143‑1 (MQ=255) cTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATGTCTTTCAGATGTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑tt < 2:164517/143‑1 (MQ=255) tCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAGTTCGGC‑ttt > 2:430706/1‑143 (MQ=255) aCTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑tttttt < 1:209343/143‑1 (MQ=255) tCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑tttttttt < 2:862431/143‑1 (MQ=255) aTTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGc > 1:434527/1‑143 (MQ=255) tAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGctg < 1:247465/143‑3 (MQ=255) aaaaTTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCggg > 2:569932/1‑143 (MQ=255) aaaTTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGc > 1:538626/1‑143 (MQ=255) ttttGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTCTTTCTTTCAGCTTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGTGCAGATTCt > 2:468315/1‑143 (MQ=255) tttGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCtt < 2:240978/143‑1 (MQ=255) ttGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCtt < 2:508804/143‑1 (MQ=255) tGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAGTTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTc < 1:344038/143‑1 (MQ=255) gTTCAGTGAATGATCTTGCCGGCTACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGCTTCTTTcc > 2:679237/1‑143 (MQ=255) ttCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCg > 2:561753/1‑143 (MQ=255) tctgTGAATGTTTTTGCCGGATACACACTGTTCATTGCCTGCGACATAGGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCGTTTAATTTCCTTGCAAGTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGa < 1:567216/140‑1 (MQ=255) aGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGTAATTCTGC‑TTTTTTTTTTTCTGGCATATTATTTCCGata > 1:659840/1‑143 (MQ=255) tGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTGCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATg < 1:170267/143‑1 (MQ=255) acgATCTGCCCGGATCCCCACTGTTCATAGCCTGCGCCATCCGACCGATATTGCGTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCATTTAGAGTTGCCAGAAATCCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCAc < 2:944736/141‑1 (MQ=255) ctgttGCCGGATACTCACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTCATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAg < 1:663193/140‑1 (MQ=255) tctgtccGGATACACACTGTTCATATCTTGCTCCATACTCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGATATTCGGCTTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAg < 1:151232/138‑1 (MQ=255) tCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAgg < 2:720406/143‑1 (MQ=255) tCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAgg < 2:815570/143‑1 (MQ=255) ccGGATACACACTGTTCGTAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACAt < 1:439591/143‑1 (MQ=255) gATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCCGGCTATTTTTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCCTTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCGGATTCTTTCCGATACGCACCCGGCACTtttt > 2:748921/1‑143 (MQ=255) tACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACAtttttt < 2:904118/143‑1 (MQ=255) acacTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTTTGCGGGCAGCTTCTTTCCGATATTCACCAGTCACTTTTTTTTGa > 1:536223/1‑143 (MQ=255) acTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTAATTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAAATCGGC‑TTTATTCTCCTCTTTTGTATTCTTTCCGATATGCACAAGGCACATTTTTTTGaca > 2:595205/1‑143 (MQ=255) ttCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCtt < 1:569932/143‑1 (MQ=255) cATAGGCTGCGGCATACGCAGGGTATGTCTTTCAGATTTCACCTTTGAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTtca < 1:732258/143‑1 (MQ=255) | AGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCA > NC_000913/1417319‑1417599 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |