| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB1–insA | insB1, insA | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503 | 1979278 | 776 | 65 [0] | [0] 66 | insB1–insA | insB1, insA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 60 (1.160) | 44/268 | 0.1 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
GGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCG > NC_000913/1978361‑1978643 | gggTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCGGATCACACTTCACCCTCATTTACTTAGCATAAATGt > 2:250503‑M1/1‑142 (MQ=255) gTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtat < 1:845771‑M1/143‑4 (MQ=255) gTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtat > 2:837091‑M1/1‑140 (MQ=255) acTTATCTAAGATTTTTCCTACATCGACGCAACCGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACCTAGATGtctcagtcatc > 1:180299‑M1/1‑132 (MQ=255) acTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACGACGGAGGGGGGCTGCGGTTTTCAATAATGCGGGATGCAGATCACACAGAACACTCAATTACTAAACATGAATGtataagtcata > 1:528137‑M1/1‑132 (MQ=255) acTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcata > 2:77869‑M1/1‑132 (MQ=255) ttATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAACTGtataagtcatact > 2:157832‑M1/1‑130 (MQ=255) tCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTCACATAAATGtataagtcatactttt > 2:735367‑M1/1‑127 (MQ=255) tAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgt > 2:901080‑M1/1‑125 (MQ=255) tAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgt > 2:729716‑M1/1‑125 (MQ=255) tAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgt > 2:683866‑M1/1‑125 (MQ=255) aaGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACGAGACACTCAATTAATTAACATAAATGtataagtcatacttttgtt > 1:9050‑M1/1‑124 (MQ=255) aaGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatactcttgat > 1:342210‑M1/1‑124 (MQ=255) tttttCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGCGGGGGTCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatactttctttttgc > 1:518569‑M1/1‑120 (MQ=255) tttttCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAACACACCCAATTTCGTTACATAAATGtataagtcatacttttgttttgg < 2:654218‑M1/143‑24 (MQ=255) tttttCCCAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgg < 2:408631‑M1/143‑24 (MQ=255) ttgttcttAGATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgg < 1:485094‑M1/140‑24 (MQ=255) ttttCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtatcagtcatacttctgttttggg > 2:465084‑M1/1‑119 (MQ=255) cTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtat > 2:236230‑M1/1‑114 (MQ=255) cTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacatttgttttgggtgtat > 1:940108‑M1/1‑114 (MQ=255) aaaTCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtattt < 2:720711‑M1/143‑32 (MQ=255) cGACGCTACTGTACTCGTCACTACATGCACCTACAACGGAGGGGGGCTGGGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACAGAAAACAATCAACTATGTATCATGAGGGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaat < 2:404188‑M1/143‑36 (MQ=255) cTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAACCAACCAATGACTTAACATAGATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaa > 2:130571‑M1/1‑100 (MQ=255) aCTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagt > 1:741213‑M1/1‑96 (MQ=255) tCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgcattggttgtatttcaatctgttaaaaagttt > 1:8452‑M1/1‑94 (MQ=255) tCGGCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaatttt < 2:315532‑M1/143‑50 (MQ=255) cGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttt > 2:526386‑M1/1‑93 (MQ=255) gCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcacactgttaaaaagattttagttagcata > 1:132642‑M1/1‑82 (MQ=255) gCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgttacgcta > 2:272166‑M1/1‑82 (MQ=255) acaTACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 2:215289‑M1/1‑80 (MQ=255) aTACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaa < 2:698149‑M1/143‑66 (MQ=255) tACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgttagcgag > 2:936627‑M1/1‑77 (MQ=255) cGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaa < 2:103718‑M1/143‑72 (MQ=255) ggAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAACTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaa < 1:658691‑M1/143‑73 (MQ=255) aGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatg < 1:662260‑M1/143‑75 (MQ=255) gCTGCGATTTTCACTAATGCGTGATGCAGATCAAACAAAACTATCAATTACTTATCATTATTGtataagttatttttttgtgttgggtttatttcaatctgttaaaaagttgttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacag < 2:384898‑M1/143‑81 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacag > 2:535842‑M1/1‑63 (MQ=255) tGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacagga > 2:110690‑M1/1‑61 (MQ=255) tGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacagga > 2:190686‑M1/1‑61 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAAATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaata < 1:405561‑M1/143‑86 (MQ=255) ttCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgatacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcg > 1:824427‑M1/1‑54 (MQ=255) aataatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaa < 1:735367‑M1/143‑93 (MQ=255) ataatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaat < 2:518569‑M1/143‑94 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtatcagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgg > 2:86350‑M1/1‑48 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgcaatgg > 2:506184‑M1/1‑48 (MQ=255) atacaaagcacacaaaaccctcAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgc < 2:377046‑M1/135‑104 (MQ=255) aTGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggcataatcgaaatggtatgttgc > 2:589065‑M1/1‑40 (MQ=255) aTGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgcaatgggatgttgc > 1:227041‑M1/1‑40 (MQ=255) gATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcaca < 1:837091‑M1/143‑109 (MQ=255) gATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcaca > 1:212219‑M1/1‑35 (MQ=255) aTCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaatatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgaacag > 1:716978‑M1/1‑34 (MQ=255) aTCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgacacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcacag > 1:51921‑M1/1‑34 (MQ=255) aTCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcacag > 2:67590‑M1/1‑34 (MQ=255) aTCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcacag > 1:464957‑M1/1‑34 (MQ=255) aTCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaataaagcaggaataatcgcaatgggatgttgcgccacg > 1:57183‑M1/1‑34 (MQ=255) acacaAAACACTCCATTACTGAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaagagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcacagtca < 1:175368‑M1/143‑113 (MQ=255) aaaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcacagtcaaaat < 1:77869‑M1/143‑117 (MQ=255) tACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagttgaagggaaacaggaataatcgaaatgggatgtggcgcacagtcaaaataaatcagcgtaa > 2:743047‑M1/1‑15 (MQ=255) ttAACATAAATGtataagtcatactttagttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcacagtcaaaataactaaccgtaaata > 2:930337‑M1/1‑12 (MQ=255) tAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcacagtcaaaataactcaccgtaaataa > 1:434629‑M1/1‑11 (MQ=255) aaTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcacagtcaaaataactcaccgtaaataatcatctg > 1:375721‑M1/1‑4 (MQ=255) aaTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcacagtcaaaataactcaccgtaaataatcatctg > 1:616176‑M1/1‑4 (MQ=255) aaTGtataaattatatttttgttttgggtttatttcaatctgttaaaaagtttttcgctactcaagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcacagtcaaaataactcaccgtaaataatcatctg < 1:766189‑M1/143‑140 (MQ=255) aTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcacagtcaaaataactcaccgtaaaaaataattagc > 2:640184‑M1/1‑3 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatgttgcgcacagtcaaaataactcaccgtaaataatcatctgct < 1:361798‑M1/143‑142 (MQ=255) | GGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCG > NC_000913/1978361‑1978643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |