| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 761,422 | C→T | A906V (GCC→GTC) | sucA → | 2‑oxoglutarate decarboxylase, thiamine triphosphate‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 761,422 | 0 | C | T | 98.2% | 156.2 / NA | 56 | A906V (GCC→GTC) | sucA | 2‑oxoglutarate decarboxylase, thiamine triphosphate‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (24/31); total (24/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGCAGCAGTTTGCTCACGTCAAGGATTTTGTCTGGTGCCAGGAAGAGCCGCTCAACCAGGGCGCATGGTACTGCAGCCAGCATCATTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGCCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCAGAAACAGCAACAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTCGAATAAATAAAGGATACACAATGAGTAGCGTAGATATTCTGGTCCCTGACCTGCCT > NC_000913/761283‑761557 | ttGCAGCAGTTTGCTCACGTCAAGGATTTTGTCTGGTGCCAGGAAGAGCCGCTCAACCAGGGCGCATGGTACTGCAGCCAGCATCATTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGtctc > 2:807205/1‑143 (MQ=255)ttGCAGCAGTTTGCTCACGTCAAGGATTTTGTCTGGTGCCAGGAAGAGCCGCTCAACCAGGGCGCATGGTACTGCAGCCAGCATCATTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGtctc > 2:265719/1‑143 (MQ=255) cagcagTTTGCTCACGTCAAGGATTTTGTCTGGTGCCAGGAAGAGCCGCTCAACCAGGGCGCATGGTACTGCAGCCAGCATCATTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCTgcgc > 2:393833/1‑143 (MQ=255) cagcagTGTGCTCCGGTCAAGGATTTTGTCTGGTGCCAGGCAGGGCCGCTCAGCCAGGGCGCATGGTGCTGCAGCCGGCATCATGTCCGGGAGGGGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTTTGCAGGCCGCCCGGTCTCCGc < 1:835509/143‑1 (MQ=255) 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2:156767/143‑1 (MQ=255) ggATTTTGTCTGGTGCCAGGAAGAGCCGCTCAACCAGGGCGCATGGTACTGCAGCCAGCATCATTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCGGCGACTCTCCAGCGCTAGGGtata > 2:604951/1‑143 (MQ=255) ttggccgggaccAGGAGGAGCCGCTCGACCAGGGCGCATGTTGCGGCAGCCAGCATCATCCCCGTGAAGTGAGTCTGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATAGGTcc < 1:915573/133‑1 (MQ=255) gTCTGGTGCCAGGAAGAGCCGCTCAACCAGGGCGCATGGTACTGCAGCCAGCATCATTTCCGTGAGGAGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGt < 2:487410/143‑1 (MQ=255) ggTGCCAGGAAGAGCCGCTCAACCAGGGCGCATGGTACTGCAGCCAGCATCATTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGCAGGGTATATGTCCGTTCAc > 2:245736/1‑143 (MQ=255) gTGCCAGGAAGAGCCGCTCAACCAGGGCGCATGGTACTGCAGCCAGCATCATTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCAcc > 1:578949/1‑143 (MQ=255) 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2:240507/142‑1 (MQ=255) cagccagcATCATTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATCTGTCCGTTCCCCCGACACAGCAACAGGATCTGGTTAATGACGCGCTGCACg > 1:489936/1‑143 (MQ=255) agccagcATCATTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCACCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCAGAAACAGCAACAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGt < 1:720172/143‑1 (MQ=255) gccagcATCATTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCAGAAACAGCAACAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTc < 2:483737/143‑1 (MQ=255) catcatTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCCGAAACAGCAACAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTCGaata > 1:459933/1‑143 (MQ=255) catcatTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCAGAAACAGCAACAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTCGaata > 1:454707/1‑143 (MQ=255) 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1:951540/143‑1 (MQ=255) aaGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGACCGGTCTCCGCCTCGCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCAGAAACAGCAACAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTCGAATAAATAAAGGATaca > 2:491877/1‑143 (MQ=255) agtcattttgTTTGGGGCTTCTCTGCGTTCTGCTGGGGCCCCGGTCTTCGCCTTTCCTGTGGTAGGGTATTTGTCCGTTCATCAGAAAGAGCAACGAGATCTGGTTAATGTCGCGCTTATCGTCGTATAAATATAGGATacac < 1:614223/134‑1 (MQ=255) ttCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCAGAAACAGCAACAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTCGAATAAATAAAGGATACACAATGa > 1:552307/1‑143 (MQ=255) tttGGGGCTTCTCTGCGTTATGAAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACAAGAAACAGCAACAAGCTCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTCGAATAAATAAAGGATACAAAATCAGTAGc > 1:425557/1‑143 (MQ=255) gCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCAGAAGCAGCACCAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTCGAACAAATAAAGGATACACAATGCGTCGCGTAGat > 1:25340/1‑143 (MQ=255) 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2:24541/143‑1 (MQ=255) aTGCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCAGAAACAGCAACAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTCGAATAAATAAAGGATACACAATGAGTAGCGTAGATATTCTGGTCCCTg < 2:449089/143‑1 (MQ=255) gCAGGCCGCCCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCAGAAACAGCAACAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTCGAATAAATAAAGGATACACAATGAGTAGCGTAGATATTCTGGTCCCTGAc < 2:643480/143‑1 (MQ=255) gccgccCGGTCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCAGAAACAGCAACAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTCGAATAAATAAAGGATACACAATGAGTAGCGTAGATATTCTGGTCCATGCcctgc > 1:440236/1‑143 (MQ=255) cgccCGGCCTCCGCCGCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCAGAAACAGCAACAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTCGAATAAATAAAGGATACACAATGAGTAGCGTAGATATTCTGGTCCCTGAcctgcct < 1:450135/143‑1 (MQ=255) | TTGCAGCAGTTTGCTCACGTCAAGGATTTTGTCTGGTGCCAGGAAGAGCCGCTCAACCAGGGCGCATGGTACTGCAGCCAGCATCATTTCCGTGAAGTGATTCCGTTTGGGGCTTCTCTGCGTTATGCAGGCCGCCCGGCCTCCGCCTCTCCGGCGGTAGGGTATATGTCCGTTCACCAGAAACAGCAACAAGATCTGGTTAATGACGCGCTGAACGTCGAATAAATAAAGGATACACAATGAGTAGCGTAGATATTCTGGTCCCTGACCTGCCT > NC_000913/761283‑761557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |