| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,876,374 | G→T | intergenic (‑47/‑205) | cysD ← / → iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,876,374 | 0 | G | T | 98.2% | 158.3 / ‑4.5 | 56 | intergenic (‑47/‑205) | cysD/iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (31/23); total (33/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
CGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGT > NC_000913/2876238‑2876513 | cGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACtata < 1:858847/143‑1 (MQ=255)cGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACtata < 2:831958/143‑1 (MQ=255) aTTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTGGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATCCCGCTATTT‑TCTTGCACTCAGATCTTTCTTCTATAgtg > 2:871351/1‑141 (MQ=255) ttGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGCTTCTACTATAGGGAg > 1:866089/1‑143 (MQ=255) agaATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGt > 2:412525/1‑143 (MQ=255) agaATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGt > 2:218938/1‑143 (MQ=255) gaATTCTGCCGCCACCTCGCGAATGATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTa < 2:829078/143‑1 (MQ=255) aaTTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCCGCTGTTTCTACTATAAGGAGCGTaa > 2:845780/1‑143 (MQ=255) aaTTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGATATTT‑TCTTGCCTTGAAATGTTTCTACTATAGGGAGCGTaa < 1:834322/143‑1 (MQ=255) ttCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAaga < 1:371608/143‑1 (MQ=255) gccgccACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCTGCTAGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAAc < 2:649738/143‑1 (MQ=255) gccgccACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAAc < 2:519216/143‑1 (MQ=255) ccgccACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACg > 2:757573/1‑143 (MQ=255) ccgccACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTCTGCCATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTACAGGGAGCGTAAGAGAACg > 1:468902/1‑143 (MQ=255) cgccACCTCGCGAAGAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGCACGa > 1:429931/1‑143 (MQ=255) 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2:362232/143‑1 (MQ=255) cctgtATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCTATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCg < 1:63228/139‑1 (MQ=255) ccGCTATTT‑TGTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCg < 2:424110/143‑1 (MQ=255) cGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCgg < 2:21400/143‑1 (MQ=255) gCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCggg < 2:331704/143‑1 (MQ=255) tt‑tCTTGCCATCAGATGGTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGttt < 2:305588/143‑1 (MQ=255) 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1:58525/140‑1 (MQ=255) aTGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGCTTAGGTAGATTTGaaa > 2:589102/1‑143 (MQ=255) ttCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGt < 2:468902/143‑1 (MQ=255) | CGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGT > NC_000913/2876238‑2876513 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |