| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,876,424 | G→A | intergenic (‑97/‑155) | cysD ← / → iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,876,424 | 0 | G | A | 96.0% | 70.0 / NA | 26 | intergenic (‑97/‑155) | cysD/iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (13/11); minor base C (0/1); total (14/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCATG > NC_000913/2876289‑2876561 | cTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATGAGAATGAGTAATTCCTTa > 1:453353/1‑143 (MQ=255) ccAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTCGAATGCGCAGTTCCTTaag > 1:153040/1‑142 (MQ=255) ccGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATaa > 2:662401/1‑143 (MQ=255) cGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAGTGAGTAATTCCTTAACGGAATAAc > 1:222592/1‑143 (MQ=255) gTGAGAAACTCGTATATGATCCATACCCGTCCCCTTGCAATCCCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGAttt < 1:172579/143‑1 (MQ=255) aGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTGTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATCGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAAGTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAg < 1:612563/143‑1 (MQ=255) gTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑c < 1:425363/143‑1 (MQ=255) gTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAACGTAAGAGAACAAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTaa > 1:305613/1‑143 (MQ=255) tCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTCTAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATATGGCAAAG‑CTAATATCaaaa > 2:98901/1‑143 (MQ=255) gTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTaa < 2:626920/143‑1 (MQ=255) tCCTTTGCAATACCGCTGTTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAgg < 1:153497/143‑1 (MQ=255) tttGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTACTATCAAACAGTGCTTAAGGCAc > 1:381844/1‑143 (MQ=255) cGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGACCGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGCTTTCgg > 2:75479/1‑143 (MQ=255) cGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGTCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCgg < 2:611204/143‑1 (MQ=255) gCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCggg > 1:394530/1‑143 (MQ=255) ttttCTTGCCCTCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGtt < 2:464804/143‑1 (MQ=255) ccATCAGATCTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGCGAACGAATGACATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACTGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGa < 2:259997/143‑1 (MQ=255) cATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGAt < 1:343224/143‑1 (MQ=255) aTCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGAtt > 1:445517/1‑143 (MQ=255) tGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAAt < 1:248744/143‑1 (MQ=255) tataGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAGGGGACCGGAACACCAGCGTTTAGGAAGATTTGATATTGTTTTAgc > 2:491997/1‑143 (MQ=255) cGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGTCGAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCa > 1:627546/1‑143 (MQ=255) agagAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATGCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGTGCAGCGGCAGttc > 1:452042/1‑142 (MQ=255) aaCGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTT‑GCAAAGTACAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATa < 1:695077/143‑1 (MQ=255) aaTGAAATTACCAATTAGAATGAGTAATTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACtct > 1:411383/1‑141 (MQ=255) gAGTACTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGACTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCATg < 1:517253/143‑1 (MQ=255) | CTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAG‑CTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCATG > NC_000913/2876289‑2876561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |