| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 48,340 | C→G | 14.8% | A191G (GCG→GGG) | kefC → | potassium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 48,340 | 0 | C | G | 14.8% | 180.0 / 2.8 | 83 | A191G (GCG→GGG) | kefC | potassium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/47); new base G (6/8); total (27/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
CTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGAT‑GGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTGGGGCGCTATGTCACGCGTCCGG‑CGCTGC‑GTTTTGTAGCCCGCTCTGGCTTGCGGGAAGTGTTTAGTGCCGTGGCGTTATTCCTCGTGTTTGGCTTTGGTTTGCTGCTGGAAGAGGTCGGCTTGTCGATGGCGATGGGCGCGTTTCTGGCGGGCGTACTGCTGGCAAGCTCGGAATACCGTCATGCGCTGGAGAGCGATATCGAACCATTTAAAGGTTTGCTGTTGGGGCTGTTTTTCATCGGTG > NC_000913/48069‑48606 | ctgGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGAT‑GGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTgcgc < 1:237704/274‑1 (MQ=255) gTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGAT‑GGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTGTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGGGCgctggttccgg > 2:563518/1‑270 (MQ=255) aagagacaggTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGTGCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGAT‑GGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCgctggtgctg < 2:606168/265‑1 (MQ=255) ttCTGCATGTGACTTGGCGTGCGCTGGCAGTGCTCGGAATTGATCGGCTTGCGTCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGAT‑GGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCgctggtgctgg < 2:758431/274‑1 (MQ=255) cATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCGGAT‑GGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGGGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGTCGGGTGGGCAGGGGCgggggg > 2:755088/1‑272 (MQ=255) tACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGAT‑GGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGCGGGTGGGATTTCt > 2:54687/1‑274 (MQ=255) aCTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGTGGAATTGGTCGGCATGACGCTGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAAGGAACGCAATCTGAT‑GGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGCGATGATTCCGCTACTGGCAACGAGCAGTGCCTCGACGACGATGGGCGCATTTGCTCTCTCGGCGTTAAAAGTGGCGGGTGCGCTGGTGCTGGTGGTATTGCTg < 1:32449/274‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |