| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,665,661 | G→A | 5.0% | E77K (GAA→AAA) | csiE → | stationary phase inducible protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,665,661 | 0 | G | A | 5.0% | 274.9 / 2.1 | 89 | E77K (GAA→AAA) | csiE | stationary phase inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/38); new base A (3/2); total (48/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
CAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑GGTTGAAGGT‑ACAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGTTTCCGTCTGTGTCCGTCATTTATTACCAGCCAATTCACCCCCGCCCTGAAGAGTGAACTGAAGCGGCGCGGAATTGCGCGTAACTTTTACGACGATACCAATCTACAAGCGTTAGTGAATCTCTGCTCCCGACGGCTGCAAAAACGCTTTGAATCGCGCGATATTCATTTCCTGTGTCTGTATCTGCAATATTGTTTGCTGCAGCACCACGCTGGAA > NC_000913/2665387‑2665931 | cAAACTTTGACTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGCTGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑GGTTg < 1:475771/275‑1 (MQ=255) tttgCTATTCTTATCAAGTATGTGTCTGGGAGATCTACACAGGATGCCTACGCTTGCTCCAACATCTTTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCGTCCAGATCGTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATTGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑GGTTGAAGGT‑a < 1:569258/272‑1 (MQ=255) ttATCTATTCGTATCAAGTATGCTTACGGGGGATTTACCGATGGTGCCTACGCGTGGCCCACCATGTGTCCTTTCGGCACCCCAGAGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCGTTCAGACGGGGTTGGCCGCAACCATGGCAACCTTTAGCGAGCTTAAGGGTGTGGAGGATGATATTGCCAGTCTTGATACCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑GGTTGAAGGT‑a < 1:270187/275‑1 (MQ=255) tAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑GGTTGAAGGT‑Ac < 2:683898/275‑1 (MQ=255) cTTATCAATTATGCTTATGGGGGATCTACAGATGAGGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑GGTTGAAGGT‑ACAGTGCt < 2:147668/273‑1 (MQ=255) cTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGCTCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGCTCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑GGTGTAAGGT‑ACAGTGCTTa > 1:308267/1‑275 (MQ=255) tATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑GGTTGAAGGT‑ACAGTGCTTAAc < 2:169810/275‑1 (MQ=255) ttATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑GGTTGAAGGT‑ACAGTGCTTAACCAACg > 1:469365/1‑274 (MQ=255) aTGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCGCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTGGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑GGTTGAAGGT‑ACAGTGCTTAACCAACGttt < 1:486939/275‑1 (MQ=255) aTGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑GGTTGAAGGT‑CCAGTGCTTAACCAACGTTTGTGttt > 1:592509/1‑275 (MQ=255) 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gCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGACTGATTATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATACACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTCGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑TGTTGAAGGT‑ACAGTGCTTAACAACTGTTTGTGTTTATTTCCGTGGCTACGACGtt > 2:422899/1‑274 (MQ=255) gCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATCGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCTTGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTAGCTCCCG‑‑‑‑‑‑‑AGTTGAAGGT‑ACAGTGCTTAACAACCGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTCCGCCGt > 2:432480/1‑274 (MQ=255) cTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTCGGCTCCCCAGCGCCGCTGCCAGATCTTGCTGACGCTCTTTCAGCCGGGGTTGACCGCCACCATGGCAACCTTCAGCGAGCTTAATGGTGTGGATGATGATATTGCCAGTCATGATATCAGCGAAACAGGACGGGAGATCCTGCGCTATCATCAACTCACACTGACGACTGGTTATGACGGTGGCTACCG‑‑‑‑‑‑‑GGTTAAAGGT‑ACAGTGCTTAACCAACGTTTGTGTTTATTTCACTGGCTACGACGTGGt > 1:667130/1‑275 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |