| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,248,792 | T→C | 4.5% | L119S (TTA→TCA) | mzrA → | modulator of EnvZ/OmpR regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,248,792 | 0 | T | C | 4.5% | 306.8 / 3.5 | 91 | L119S (TTA→TCA) | mzrA | modulator of EnvZ/OmpR regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/47); new base C (2/2); total (42/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
GGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCACCCCCAAAAACGACACTCTGTTAATTACATTTGACTCCAGCGACCAGAGCGCCGCCGCAAAAGCGGTCCTCGACAGAACATTGCCCCATGGCTACATCATTGCGCAGCAGGACAATAACAGTCAGGCTATGCAGTGGCTGACCCGGTTACGGGATAACTCTCATCGCTTCGGATAACTTCCTGTTATCCGAAACATATCACTCACTTTGGTGATTTCACCGTAACTGTCTATGATTAATGAGGCGGTGGTTAACACTACCGCTTCGTTGTCTGGACAATCGTTCCTTTGTAATAGGTCCGAATCACAATGGAAGGTTCAAGAATGAAATACCGCATCGCTTTAGCTGTTTCTCTCTTTGCTCTTAGTGCCGGTAGTTATGCCACTACCCTGTGTCAGGAAAAGGAGCAAAATATCCTTA > NC_000913/3248519‑3249063 | ggTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCGCCGCTGGCGATTCGTGCCGTTCAGCAAGGCACAACGATGGCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACTCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCACCCCCAAAAACGGCCCTCTGTTAATTACATTTGACTCCAGCGACCAGAGCGCCGCCGCAAAAGCGGTCCTCGACAGAACATTGCCCCATGGCTACATCATTGCGCAGCAGGACAATAACAGTCAGGCTATGCAGTGGCTGACCCGGTTa < 2:429032/275‑1 (MQ=255) 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ttACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCACCCCCAAAAACGACACTCTGTTAATTACATTTGACTCCAGCGACCAGAGCGCCGCCGCAAAAGCGGTCCTCGACAGAACATTGCCCCATGGCTACATCATTGCGCAGCAGGACAATAACAGTCAGGCTATGCAGTGGCTGACCCGGTTACGGGATAACTCTCATCGCTTCGGa < 2:666890/274‑1 (MQ=255) cTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCACCCCCAAAAACGACACTCTGTTAATTACATTTGACTCCAGCGACCAGAGCGCCGCCGCAAAAGCGGTCCTCGACAGAACATTGCCCCATGGCTACATCATTGCGCAGCAGGACAATAACAGTCCGGCTATGCAGTGGCTGCACCGGTTACGGGATAACTCTCATCGCTTCgg > 1:684212/1‑274 (MQ=255) cGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCACCCCCAAAAACGACACTCTGTTAATTACATTTGACTCCAGCGACCAGAGCGCCGCCGCAAAAGCGGTCCTCGACAGAACATTGCCCCATGGCTACATCCTTGCGCAGCAGGACCATAACAGTCAGGCTATGCCGTGGCTGACCCGGTAACGGGATTACTCTCCTCCATTTGGAtca > 1:817284/1‑273 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |