| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,945,935 | T→A | 5.1% | noncoding (2233/2904 nt) | rrlC → | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,945,935 | 0 | T | A | 5.1% | 217.9 / 3.3 | 92 | noncoding (2233/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/34); new base A (3/2); total (56/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
CACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTG‑‑GTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCG‑AGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATAGTGATCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGAC > NC_000913/3945667‑3946185 | aagcaacggggTAAAGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGGGACCCAGTGAAATTGAACCGGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTTACACGGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCGTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCtg‑‑gtgg < 1:719264/264‑1 (MQ=11) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |