| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 944,918 | C→T | 3.7% | intergenic (+22/+13) | dmsC → / ← ycaC | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit C/putative isochorismatase family hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 944,918 | 0 | C | T | 3.7% | 353.4 / 2.6 | 109 | intergenic (+22/+13) | dmsC/ycaC | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit C/putative isochorismatase family hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/49); new base T (2/2); total (58/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGCCGCAGCGCTGGTGCCGGACTATGGTGCGCTGATGTCCTGGCGGATCGTGCTTTTGGCCGTTGCCCTGTGCTTGTGGATTGCACCACAGCTAAAAGGTTATCAGCCTGCGGTTCCGCTACTTTCTGTATCATTCATTCTGCTTCTGGCAGGGGAATTAATCGGTCGCGGCGTATTCTATGGTTTGCATATGACCGTGGGGATGGCCGTCGCAAGCTAATCATAACAACCGGGGTTTCGGCCCCGGTTCTCTTTTATTTCTGCTTCGTTAACGTGTCATAACTGGTCATCAAATTACGATAATCAGGAATGTGGTTAGAGAACAACGTCGCCAGTCCTTCAATATCATTACGCCAGTCGCGATGCAGCTCGCACGCCACGCCGAACCATGTCATCAATTGCGCACCAGCTTGCGACAAGCGATCCCATGCCGAATGCCGGGTAATTTCATTAAAGGTCCCTGACGCGTCAGTCACGACAAAGACGTCAAACCCTTCTTCAATGGCTGAAAGC > NC_000913/944651‑945189 | gCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGCCGCAGCGCTGGTGCCGGACTATGGTGCGCTGATGTCCTGGCGGATCGTGCTTTTGGCCGTTGCCCTGTGCTTGTGGATTGCACCACAGCTAAAAGGTTATCAGCCTGCGGTTCCGCTACTTTCTGTATCATTCATTCTGCTTCTGGCAGGGGAATTAATCGGTCGCGGCGTATTCTATGGTTTGCATATGACCGTGGGGGTGGCCGTCGCAAGCTAATCATAACCACCGGGGTTTCGGCCCCggg > 1:133345/1‑273 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |