| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,158,384 | G→A | W172* (TGG→TGA) | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,158,384 | 0 | G | A | 94.4% | 88.3 / NA | 38 | W172* (TGG→TGA) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (18/16); minor base C (1/1); total (19/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
GCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTC > NC_000913/1158244‑1158522 | gCGATCGCGGCGCACAGGTTTCACCGTTTCTACCGTATTAAGCCGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCGTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTACCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGacc < 2:484529/143‑1 (MQ=255) ggaCATGTTGAGCCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGGGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGtt < 1:696676/141‑1 (MQ=255) ttAACCGTTTCTACCATATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACACTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATc > 1:743054/1‑143 (MQ=255) aaCCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCa > 2:35630/1‑143 (MQ=255) aCCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAg < 1:169943/143‑1 (MQ=255) cGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGAc > 2:292950/1‑143 (MQ=255) tACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTACTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCCGACCTgctc > 2:862831/1‑143 (MQ=255) gCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAATCGCTTTGTGCCGATCATTTCTTGCCTGGCTGCCAGCGTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGgctg < 2:458557/143‑1 (MQ=255) gCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGgctg < 2:360260/143‑1 (MQ=255) tGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCGGTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGGCATCATTACTGGCGTTGTGCTGTACTTCATGTCACCGCAGATTGGGTATGCAATCGAGACCTTCTCTCAATGGacggct > 1:261058/1‑143 (MQ=255) gCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCCTCTCTACGTGGGCTGCtt > 1:749202/1‑143 (MQ=255) ccTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGCCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTCCCCCAAGGGGGCTGCTTa > 2:823499/1‑143 (MQ=255) gAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCa < 2:523361/143‑1 (MQ=255) tATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGaa < 2:315065/143‑1 (MQ=255) cTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTACCCTGGCTGCCACCTTTACTGGCGTTGACCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATCGGTCGTGCAATCCAGACCTACTCTCCGTACCCCGCTTAGCAGAAccg > 1:555252/1‑142 (MQ=255) ttGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCg > 2:804704/1‑143 (MQ=255) ttGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGCCATCAACAAGAGTTCTGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCg > 2:404957/1‑143 (MQ=255) cggcctcctcTTTGCGTCTATCACCTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCCTCATTTGTCCGCCGATTGGTTCTGCTATCCAGGCCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGGAGTTGCGTTTg < 1:359975/134‑1 (MQ=255) ccgTAAACGCTTTGGGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGTCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTg < 2:858657/141‑1 (MQ=255) aCGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCAttt > 1:674114/1‑143 (MQ=255) gCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGAGAATTGGGTCTGCAATCCAGACCTCCACTCAAGGGGCTGCTTCCCAGAACCCTGTAGTTGCCTTTGGAAtttcg > 1:57993/1‑141 (MQ=255) tttGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCCGCACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACgg > 2:848185/1‑143 (MQ=255) ttGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGt > 2:669517/1‑143 (MQ=255) gCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTCCCCGTTTTGTGTTGCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCa < 2:405138/143‑1 (MQ=255) ggctcgtatGCCATCTTGACTGGCGTTGTGGTGTTCTTCGTTTGACCGCCGGTTGGTGCTGCAATCCAGACCTTCTCTCGGTGGGCTGCTTATCAGAACCCGGTAGGTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTGGCCt < 1:356964/135‑1 (MQ=255) tggcTGCCATCTTCGCTTGCGTTGTGCTTTCCTTCCTTGGACCGTCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGATCCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTa < 1:829659/143‑1 (MQ=255) ccATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGttt < 2:99156/143‑1 (MQ=255) tCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGt < 2:484727/143‑1 (MQ=255) cTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTc < 2:214293/143‑1 (MQ=255) cTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGcac < 2:743054/143‑1 (MQ=255) tgtcCTGCCCTTCATCTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGTCCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTTCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCt < 2:859060/143‑1 (MQ=255) cTGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTCCCGTTTGGTCTGCACCCCATCTGGaa > 2:726244/1‑143 (MQ=255) tGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCAGATCTGGAAc > 2:84179/1‑143 (MQ=255) tGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAAc > 2:723939/1‑143 (MQ=255) tGTCCTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAAc > 1:417341/1‑143 (MQ=255) ccTTCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTa < 2:461380/143‑1 (MQ=255) ttCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTGCGGTTTCATCGAACGTTGCGTGGTACCGTTTGGTCTGCCCCACAGGTGGAACGTAct > 1:701458/1‑142 (MQ=255) ttCATTTGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGGTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGaaaggtac < 2:814089/143‑7 (MQ=255) tttGACCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTc < 2:417341/143‑1 (MQ=255) | GCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTCATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTC > NC_000913/1158244‑1158522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |