| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 121,986 | Δ1 bp | 6.4% | intergenic (‑435/‑106) | aroP ← / → pdhR | aromatic amino acid transporter/pyruvate dehydrogenase complex repressor, autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 121,985 | 0 | A | . | 6.4% | 230.0 / 6.3 | 62 | intergenic (‑434/‑107) | aroP/pdhR | aromatic amino acid transporter/pyruvate dehydrogenase complex repressor, autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/20); new base . (2/2); total (40/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
GAATGCACCCGCTTTATGCATGGTTGAAGATGAGTTGCTTAAAAAGAAACCGTTTGTAAAGCTCAGCCTCAACCCCTCTCAATATGTAGAATGAATTTAAATTCGTTTTAATTGAATTAAAAATCACAAAATTGGTAAGTGAATCGGTTCAATTCGGATTTTTATAGTTTAATAATCGTTAAAAAACTCCTTTCCTACGTAAAGTCTACATTTGTGCATAGTTACAACTTTGAAACGTTATATATGTCAAGTTGTTAAAATGTGCACAGTTTCATGATTTCAATCAAAACCTGTATGGACATAAGGTGAATACTTTGTTACTTTAGCGTCACAGACATGAAATTGGTAAGACCAATTGACTTCGGCAAGTGGCTTAAGACAGGAACTCATGGCCTACAGCAAAATCCGCCAACCAAAACTCTCCGATGTGATTGAGCAGCAACTGGAGTTTTTGATCCTCGAAGGCACTCTCCGCCCGGGCGAAAAACTCCCACCGGAACGCGAACTGGCAAAACAGTTTGACGTCTCCCGTCCCTCCTTGCGTGAGGCGATTCAACGTCTCGAAGCG > NC_000913/121704‑122271 | gAATGCACCCGCTTTATGCATGGTTGAAGATGAGTTGCTTAAAAAGAAACCGTTTGTAAAGCTCAGCCTCAACCCCTCTCAATATGTAGAATGAATTTAAATTCGTTTTAATTGAATTAAAAATCACAAAATTGGTAAGTGAATCGGTTCAATTCGGATTTTTATAGTTTAATAATCGTTAAAAAACTCCTTTCCTACGTAAAGTCTACATTTGTGCATAGTTACAACTTTGAAACGTTATATATGTCAAGTTGTTAAAATGTGCACAGTTTCATGATTtcaatcaa < 2:782094/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |