| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 119,988 | A→G | 2.7% | L236L (TTA→TTG) | ampE → | ampicillin resistance inner membrane protein, putative signaling protein in beta‑lactamase regulation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 119,988 | 0 | A | G | 2.7% | 565.0 / 2.5 | 160 | L236L (TTA→TTG) | ampE | ampicillin resistance inner membrane protein, putative signaling protein in beta‑lactamase regulation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (77/77); new base G (2/3); total (80/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TTCGTTTTTATCTTGCACCGCTGTTCTGGCTGATTGTGGGGGGAACCTGGGGACCCGTTACGCTGATGGGGTATGCGTTTTTGCGTGCATGGCAATACTGGCTGGCGCGATATCAGACGCCGCATCATCGTTTACAGTCCGGCATTGATGCCGTGCTTCATGTACTGGATTGGGTGCCGGTTCGTCTTGCGGGTGTGGTATATGCCTTGATCGGTCATGGTGAGAAAGCGTTACCGGCCTGGTTTGCTTCGCTGGGTGATTTCCATACTTCGCAGTATCAGGTGTTAACGCGTCTGGCGCAGTTCTCTCTGGCGCGTGAACCGCATGTCGATAAGGTGGAGACGCCGAAGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTGTACGGGTGAGGGCGTAGAGAGATTAATGCGCTTTTACGGCTTTGGCGGTTTTCTCTTTAAACAGATAGCCGATACCTAACACGATCAGCCATACCGGGATCAGGTATACCGAAATCGCCAT > NC_000913/119702‑120276 | ttCGTTTTTATCTTGCACCGCTGTTCTGGCTGATTGTGGGGGGAACCTGGGGACCCGTTACGCTGATGGGGTATGCGTTTTTGCGTGCATGGCAATACTGGCTGGCGCGATATCAGACGCCGCATCATCGTTTACAGTCCGGCATTGATGCCGTGCTTCATGTACTGGATTGGGTGCCGGTTCGTCTTGCGGGTGTGGTATATGCCTTGATCGGTCATGGTGAGAAAGCGTTACCGGCCTGGTTTGCTTCGCTGGGTGATTTCCATACTTCGCAGTATCAGGTGTTAAc < 1:255532/289‑1 (MQ=255) 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TTCGTTTTTATCTTGCACCGCTGTTCTGGCTGATTGTGGGGGGAACCTGGGGACCCGTTACGCTGATGGGGTATGCGTTTTTGCGTGCATGGCAATACTGGCTGGCGCGATATCAGACGCCGCATCATCGTTTACAGTCCGGCATTGATGCCGTGCTTCATGTACTGGATTGGGTGCCGGTTCGTCTTGCGGGTGTGGTATATGCCTTGATCGGTCATGGTGAGAAAGCGTTACCGGCCTGGTTTGCTTCGCTGGGTGATTTCCATACTTCGCAGTATCAGGTGTTAACGCGTCTGGCGCAGTTCTCTCTGGCGCGTGAACCGCATGTCGATAAGGTGGAGACGCCGAAGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTGTACGGGTGAGGGCGTAGAGAGATTAATGCGCTTTTACGGCTTTGGCGGTTTTCTCTTTAAACAGATAGCCGATACCTAACACGATCAGCCATACCGGGATCAGGTATACCGAAATCGCCAT > NC_000913/119702‑120276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |