| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 257908 = | NA (NA) | 29 (1.370) | 25/284 | 0.0 | 100% | intergenic (+9/‑768) | crl/crl | pseudogene, sigma factor‑binding protein, RNA polymerase holoenzyme formation stimulator,regulator, Surface structures, transcriptional regulator of cryptic csgA gene for curli surface fibers/pseudogene, sigma factor‑binding protein, RNA polymerase holoenzyme formation stimulator,regulator, Surface structures, transcriptional regulator of cryptic csgA gene for curli surface fibers |
| ? | NC_000913 | = 1293039 | 0 (0.000) | intergenic (‑117/‑488) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase | |||||
AGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCT > NC_000913/1292900‑1293181 | aGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTCCCGggt < 2:339994‑M2/143‑4 (MQ=255)aGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATAATGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATACCCCGGAATGTAAGGAATTCACAATTGTCCTTGACTCTGTGCCGggt < 2:142576‑M2/143‑4 (MQ=255)aGAATTTTAAGTGATTCGCTCATTGTAAAAATATCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTAAGATAATAATACAGCCTTAAATTCAGTGGTGCAATAGCCAGAAATGTAAGGAAATAAAAATTGTCGTATATTTTAGgccggta > 2:118903/1‑140 (MQ=255) gAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGACTTAAATTCAGTTGTGAAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggta < 1:103917‑M2/143‑5 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |