| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,157,900 | +A | coding (32/1434 nt) | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,157,896 | 1 | . | A | 93.9% | 90.9 / ‑0.2 | 34 | coding (28/1434 nt) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base A (12/19); total (14/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
TCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAG > NC_000913/1157758‑1158019 | tctGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑aaa‑a > 2:107025/1‑143 (MQ=255)actGAGTAATAAATAAAACGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGACTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑aaa‑a < 1:541945/142‑1 (MQ=255) tgtgTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑aaa‑aag > 1:581976/1‑141 (MQ=255) ggtAATCAATAAATCGCTCTGAGGTGCCCTGTACGCGGCGAGGCTCTGCCCCTTCGTCAGACGTGAGAACGTAAAACAAGCATCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑aaa‑aaggt < 1:626729/142‑5 (MQ=255) 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> 1:158600/1‑143 (MQ=255) tACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTa < 2:222594/143‑1 (MQ=255) acacGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTACATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTAc > 1:652065/1‑143 (MQ=255) acacGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTAc < 1:543164/143‑1 (MQ=255) gAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCCCTGATGCTGCCCGTATGCGTACTGCCTAt > 1:300062/1‑143 (MQ=255) ctctCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCa > 2:190311/1‑143 (MQ=255) tctcCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATAGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACCGCCTATCGCAg > 2:109423/1‑143 (MQ=255) cctcCCCCCTTCCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAg < 1:612620/142‑1 (MQ=255) ttGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTctgc < 1:344949/143‑1 (MQ=255) gCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTctgctg < 1:711126/143‑1 (MQ=255) cgTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATCCTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTc < 1:441026/143‑1 (MQ=255) tGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCgg > 2:165115/1‑143 (MQ=255) gagaACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATCTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGt < 2:550600/143‑1 (MQ=255) taagTAAAAAATGCTGCCTTACACAAAAGCACGCTCAATTAAGTCTAAGAATGCATGTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTcc < 2:686470/140‑1 (MQ=255) aaCGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTcc < 2:581976/143‑1 (MQ=255) tAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGa < 2:684906/143‑1 (MQ=255) aCCCACACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAgctg < 2:146062/143‑1 (MQ=255) 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2:18170/137‑1 (MQ=255) tctcAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATc > 2:309615/1‑143 (MQ=255) tcgcAAGTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCAGCTAAGAGTCTGTTGCGGTAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATc < 2:140227/140‑1 (MQ=255) tttAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCGCGCCGTGGTATCTCATGTTATgc > 2:607454/1‑142 (MQ=255) ttAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGATATCCGTACTGCCTATCGAAGGTATTCTCCTGTGCGACGGTTCATCGAAGTTCAGCTGGCAGCACGCACTTGTCTCGccatgaatagc > 1:592189/1‑133 (MQ=255) ttAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCCTGTTATGGCa > 1:659965/1‑143 (MQ=255) aaTGCATTTGCTAACCTGCAAAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAg < 2:375880/143‑1 (MQ=255) | TCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑AAA‑AGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAG > NC_000913/1157758‑1158019 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |