| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,455,872 | A→G | 6.7% | T99T (ACA→ACG) | gspC → | general secretory pathway component, cryptic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,455,872 | 0 | A | G | 6.7% | 198.8 / 3.5 | 60 | T99T (ACA→ACG) | gspC | general secretory pathway component, cryptic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/19); new base G (2/2); total (39/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
AGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACGGGCTTCGATTGAACCCTCGT > NC_000913/3455620‑3456160 | aGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAg > 1:915364/1‑289 (MQ=255) attattTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAAc > 2:638683/1‑253 (MQ=255) attattTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAAc < 1:638683/253‑1 (MQ=255) attattTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAAGCAGGAAACACTTAAGCTCTCTATAGCGCTTCATGGCATTGTACTCACGTCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGGGAACAAAAGCGATACTTACTCAACGAAGCCCTTGAGTCa > 2:823251/1‑288 (MQ=255) 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tGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACGGGCtt < 2:826531/289‑1 (MQ=255) tGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACGGGCTTCGATTg > 1:767211/1‑289 (MQ=255) aCTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACGGGCTTCGATTGaa < 2:17597/288‑1 (MQ=255) 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AGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACGGGCTTCGATTGAACCCTCGT > NC_000913/3455620‑3456160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |