| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | intergenic (+254/‑485) | ychE → / → oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499–1300697 | 1300697 | 1–1199 | 55 [0] | [1] 56 | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 52 (1.080) | 46/274 | 0.1 | 99.1% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 1 (0.020) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
GATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGT > NC_000913/1300556‑1300840 | aattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaa < 2:606163‑M2/1‑1 (MQ=255) tactgttagttatacggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa < 1:238202‑M2/4‑1 (MQ=255) cGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAaataatc > 2:527062/1‑142 (MQ=14) tagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCa < 2:498565‑M2/10‑1 (MQ=255) agttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcctgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCaa < 2:72909‑M2/11‑1 (MQ=255) agttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagcggaaagtgctcaATAATA‑ATcac > 2:695488‑M2/133‑142 (MQ=255) ttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAAtt < 1:94268‑M2/13‑1 (MQ=255) tataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTg < 1:229312‑M2/14‑1 (MQ=255) ataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgcagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGt > 1:189926‑M2/129‑143 (MQ=255) taaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGtt > 2:484577‑M2/128‑143 (MQ=255) ggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTaaa > 2:438753‑M2/125‑143 (MQ=255) atttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAatt > 1:497832‑M2/123‑143 (MQ=255) tttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAatta > 1:435534‑M2/122‑143 (MQ=255) tccttacctgcttctcctccccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgtctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAattatt < 1:504238‑M2/24‑1 (MQ=255) cttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATtgt > 2:761772‑M2/118‑143 (MQ=255) tgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcatactcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATCGtacaatg > 1:128199‑M2/112‑140 (MQ=255) gcctcaccatcatgttattttcgcgacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagttctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac < 1:155567‑M2/38‑1 (MQ=255) ctcaccatcatgttattttcgccaaatcaaaatcctggtcgtgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAACTTATTGTGCATTTCACTACTg > 1:572170‑M2/104‑143 (MQ=255) tcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTgg < 1:657369‑M2/41‑1 (MQ=255) catcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACAGGAACt > 1:638200‑M2/99‑143 (MQ=255) atcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgttgtTTGATG‑GCCAAACCTTAAATTATTGTGCATTTCACTACGGGACCTg > 1:608026‑M2/98‑143 (MQ=255) taatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGCACTGt > 1:351421‑M2/97‑143 (MQ=255) ttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCa > 2:70982‑M2/92‑143 (MQ=255) ttttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataatttaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATCATA‑ATTATCCGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:792809‑M2/89‑143 (MQ=255) ttttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa < 1:470263‑M2/55‑1 (MQ=255) ttttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgccaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa < 2:496174‑M2/55‑1 (MQ=255) tcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 1:69642‑M2/86‑143 (MQ=255) cgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGa < 1:313205‑M2/59‑1 (MQ=255) ccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATa < 1:484577‑M2/61‑1 (MQ=255) ccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATa < 1:112156‑M2/61‑1 (MQ=255) cacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAg > 2:805266‑M2/82‑143 (MQ=255) ataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAATATAGACATGc > 1:107623‑M2/76‑143 (MQ=255) ataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc < 1:647366‑M2/68‑1 (MQ=255) tcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAg < 2:757143‑M2/72‑1 (MQ=255) ctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAt < 1:692386‑M2/83‑1 (MQ=255) cggaagaataattgaactggtattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAt < 2:1222‑M2/83‑1 (MQ=255) tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAtt > 2:714919‑M2/60‑143 (MQ=255) aagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttg > 2:750670‑M2/58‑143 (MQ=255) aagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttg > 2:447903‑M2/58‑143 (MQ=255) agaataattgaaacgatattatcaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttga < 1:695488‑M2/87‑1 (MQ=255) agaagaattggaatgatattattaattccactgcgtttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCCATttga < 1:575090‑M2/87‑1 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttgatt < 1:659639‑M2/89‑1 (MQ=255) taattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttgattga > 2:51596‑M2/53‑143 (MQ=255) aattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctccA‑AGTATATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa < 2:195982‑M2/92‑1 (MQ=255) ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaatt < 1:246805‑M2/94‑1 (MQ=255) agatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGAttgaattgaa < 1:110814‑M2/97‑1 (MQ=255) atattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGATATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAagagg > 1:193108‑M2/42‑141 (MQ=255) attattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtt < 1:240610‑M2/104‑1 (MQ=255) tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtttg > 2:639052‑M2/38‑143 (MQ=255) cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCAt > 1:771338‑M2/29‑143 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATg < 1:805266‑M2/116‑1 (MQ=255) ttggtagaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCaa < 2:109984‑M2/123‑1 (MQ=255) agaggaaagtgctaaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCtat > 1:81391‑M2/16‑143 (MQ=255) aaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACg < 2:69642‑M2/141‑1 (MQ=255) aaATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGGAATCAGAAAAGAGAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACg < 2:435534‑M2/141‑1 (MQ=255) ataata‑atCAATTGTTAAATTATTGTGCATTGCACTACTGGAACTGGAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTTAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGt < 2:270563/143‑1 (MQ=255) | GATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATA‑ATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGT > NC_000913/1300556‑1300840 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |