| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,102,334 | T→A | 4.2% | L216M (TTG→ATG) ‡ | kdgT → | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,102,334 | 0 | T | A | 4.2% | 348.6 / 3.3 | 96 | L216M (TTG→ATG) ‡ | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/39); new base A (2/2); total (55/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
CCAATGGCGGACTTTACGCTTCCATCATGCAGCAGTACGGCACAAAAGAAGAAGCTGGGGCATTTGTGTTGATGTCGTTGGAGTCCGGGCCGCTCATGACGATGATTATTCTGGGCACTGCCGGGATTGCCTCGTTTGAACCGCATGTTTTCGTCGGCGCAGTATTACCGTTCCTGGTGGGCTTTGCCCTGGGGAACCTTGACCCTGAATTGCGAGAATTTTTCAGCAAAGCGGTGCAAACGCTGATTCCATTCTTTGCCTTCGCGCTGGGCAATACCATTGATTTGACTGTGATTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGGCAGCAACTTCGCTGGTAGCGACGGCGGTCATTGTGACTTCGATTCTGGTGCCAATTCTTACCTCTATCTGGTCACGTA > NC_000913/4102050‑4102622 | ccAATGGCGGACTTTACGCTTCCATCATGCAGCAGTACGGCACAAAAGAAGAAGCTGGGGCATTTGTGTTGATGTCGTTGGAGTCCGGGCCGCTCATGACGATGATTATTCTGGGCACTGCCGGGATTGCCTCGTTTGAACCGCATGTTTTCGTCGGCGCAGTATTACCGTTCCTGGTGGGCTTTGCCCTGGGGAACCTTGACCCTGAATTGCGAGAATTTTTCAGCAAAGCGGTGCAAACGCTGATTCCATTCTTTGCCTTCGCGCTGGGCAATACCATTGATTTGAc < 1:808520/289‑1 (MQ=255) tGGCGGACTTTACGCTTCCATCATGCAGCAGTACGGCACAAAAGAAGAAGCTGGGGCATTTGTGTTGATGTCGTTGGAGTCCGGGCCGCTCATGACGATGATTATTCTGGGCACTGCCGGGATTGCCTCGTTTGAACCGCATGTTTTCGTCGGCGCAGTATTACCGTTCCTGGTGGGCTTTGCCCTGGGGAACCTTGACCCTGAATTGCGAGAATTTTTCAGCAAAGCGGTGCAAACGCTGATTCCATTCTTTGCCTTCGCGCTGGGCAATACCATTGATTTGTCtgtg > 2:247227/1‑289 (MQ=255) tGGCGGACTTTACGCTTCCATCATGCAGCAGTACGGCACAAAAGAAGAAGCTGGGGCATTTGTGTTGATGTCGTTGGAGTCCGGGCCGCTCATGACGATGA‑TATTCTGGGCACTGCCGGGATTGCCTCGTTTGAACCGCATGTTTTCGTCGGCGCAGTATTACCGTTCCTGGTGGGCTTTGCCCTGGGGAACCTTGACCCTGAATTGCGAGAATTTTTCAGCAAAGCGGTGCAAACGCTGATTCCATTCTTTGCCTTCGCGCTGGGCAATACCATTGATTTGACTGTGa > 1:115532/1‑289 (MQ=255) aCTTTACGCTTCCATCATGCAGCAGTACGGCACAAAAGAAGAAGCTGGGGCATTTGTGTTGATGTCGTTGGAGTCCGGGCCGCTCATGACGATGATTATTCTGGGCACTGCCGGGATTGCCTCGTTTGAACCGCATGTTTTCGTCGGCGCAGTATTACCGTTCCTGGTGGGCTTTGCCCTGGGGAACCTTGACCCTGAATTGCGAGAATTTTTCAGCAAAGCGGTGCAAACGCTGATTCCATTCTTTGCCTTCGCGCTGGGCAATACCATTGATTTGACTGTGATTGc > 1:146744/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |