| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1962621 | 23 (0.450) | 23 (0.450) | 15/284 | 3.1 | 50.0% | coding (352/393 nt) | flhE | proton seal during flagellar secretion |
| ? | NC_000913 | 2101749 = | NA (NA) | intergenic (‑5/+146) | wbbL/insH1 | pseudogene, lipopolysaccharide biosynthesis protein/IS5 transposase and trans‑activator | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
TTTTGTTGCAAGCTATTCCTGATAAATAATTGCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGACACAACGAGATTGCGAACACAAGCGAACC > NC_000913/1962480‑1962760 | tcgtttctttgctggtatgggggctcttactgctgacttcactgtcggcgaaggtaagttgacgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGc > 1:453414‑M1/139‑143 (MQ=255) gttgCAAGCTATTCCTGATAAATAATTGCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTg < 1:360224/143‑1 (MQ=255) tcgttgggggtctgacggcgcgtacggctgaagtcaccgtcggcgaagggaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatagcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTgg > 1:710956‑M1/134‑143 (MQ=255) acctttctggtctgacggcgcttactgctgcattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTgg > 1:286195‑M1/134‑143 (MQ=255) cAAGCTCTTCCTGATAAATAATTGCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGATCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAAt < 1:313914/143‑1 (MQ=255) aaGCTATTCCTGATAAATAATTGCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATTATTCAGAATCGCTTCATTACGTTGTCCCTTTACGGGTGGAAtt > 2:54234/1‑143 (MQ=255) aTTCCTGATAAATAATTGCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAATTCATAATCATACCCGTGACCGCGTTATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCg < 2:641381/143‑1 (MQ=255) tctgacggcgcgtactgccgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctgtggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGc > 2:837341‑M1/124‑143 (MQ=255) taaataaTTGCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGc < 1:422140/143‑1 (MQ=255) cttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgattactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatcgcagatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTg > 1:88904‑M1/114‑143 (MQ=255) tGCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTGTCTTTAGCGCTGGAATTGACCGCCCGCCGCCTGGCCCt > 1:245004/1‑143 (MQ=255) gCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACtt > 1:499571/1‑143 (MQ=255) tgaattcactgtcgccgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTcc > 1:8194‑M1/106‑143 (MQ=255) aacaaGACATCGAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCATGGCACTTcc > 2:533910/1‑143 (MQ=255) gaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTccc > 2:115392‑M1/105‑143 (MQ=255) tgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAAt < 1:302563‑M1/47‑1 (MQ=255) gAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCATGGCACTTCCCAGATAAATCg > 1:518060/1‑143 (MQ=255) gcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCaa < 2:891594‑M1/52‑1 (MQ=255) gaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgctctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGACAAATCGCAACg < 2:653303‑M1/54‑1 (MQ=255) ggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGtt > 1:468893‑M1/87‑143 (MQ=255) aCTGAGTTATCAAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTGGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCGTTAGCGGTGGAAGTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTctg < 1:866862/143‑1 (MQ=255) ttgatgactcatgatgacccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcacggccttgttcgccccttccTTAGCGGTGGAATTCACCGCCCACCGCCCGGCCCTCCCCAGATACATCGCAACCGctctgccc < 2:86492‑M1/63‑3 (MQ=255) ttattaAACATCCTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTAAGAGCTATCCCACAACCACTTCATTACGTTTTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCg < 1:859058/143‑1 (MQ=255) ttattaAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCg < 1:563243/143‑1 (MQ=255) ttattaAACACACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCg < 1:509024/143‑1 (MQ=255) tgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGc > 1:127899‑M1/77‑143 (MQ=255) tgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGc > 1:344689‑M1/77‑143 (MQ=255) tattaAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGc < 1:720449/143‑1 (MQ=255) ttaAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACCATCACTTCATTACGTTGTACCTATAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGCTAAATCGCACCGGTTCTGCTGCCGCta > 2:492597/1‑143 (MQ=255) ttaAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCCACGGTTCTGCTGCCCCta > 1:736764/1‑143 (MQ=255) aaaCATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCAGCtatg > 1:308793/1‑142 (MQ=255) catgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATAc > 1:262469‑M1/72‑143 (MQ=255) aaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGaaaa > 1:602655‑M1/65‑143 (MQ=255) accctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAg > 1:891594‑M1/64‑143 (MQ=255) tgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCa > 1:339397‑M1/60‑143 (MQ=255) aaTTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACggtggt > 1:554007/1‑143 (MQ=255) aaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAGACGCCCACCAATTGGGGGCCGCCACACAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCct < 1:420138‑M1/105‑1 (MQ=255) cGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCACCGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGACAACGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTaa > 1:307739/1‑143 (MQ=255) cGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCGATACCGGAAAAGGCCACGGTGGGTCCGCTCCGCCCccctta > 1:115943/1‑141 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTCAtt < 2:504004‑M1/111‑1 (MQ=255) ctcatatcagggacctgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTCTACCGCAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGa > 1:172836‑M1/30‑143 (MQ=255) atggacgatcggttCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGa < 2:627957/131‑1 (MQ=255) tcagggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGACACAAc < 1:550648‑M1/120‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCCCTTCCCAGATACATCGCAACGGTTCTGCTGCCCCTATACCGGCACCGGCCTCGGTCGCTCCGCTCTGCCCCTCTCATTCGGCCCACcgagc < 1:87589‑M1/124‑2 (MQ=255) cttgttcgcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAACGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCGCCTCTAATTCGACCCAACGAGATTg < 1:449769‑M1/127‑1 (MQ=255) gttcgcaccttccCTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCCGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTTCGCTCTGCCCCTCTAATTCGACACAACGAGATTGCGa > 1:255568‑M1/14‑143 (MQ=255) gcaccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGACACAACGAGATTGCGAacac > 1:619359‑M1/10‑143 (MQ=255) actctccttAGCGGTTGAAGTAACCGCCCCCCGCCTGGCACTCCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCCGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTGCCGCTCTGCCTCTCTAATTCGATACAACGAGATTGCGAACACaa < 2:253908/136‑1 (MQ=255) ccttccTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGACACAACGAGATTGCGAACACAAg > 1:840017‑M1/7‑143 (MQ=255) cctgccTTAGCTGTGGAATTAACCGCCCACTGCCTGGTACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGTAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGACACAACGAGATTGCGAACACAAg > 2:844002‑M1/7‑143 (MQ=255) ttAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGACACAACGAGATTGCGAACACAAGCGAAcc < 2:302563/143‑1 (MQ=255) | TTTTGTTGCAAGCTATTCCTGATAAATAATTGCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAGTTATTAAACATACTCGCGAGCGCGTAATTTTTTTGTCCTTCAGCGATAATTCACAATCACTTCATTACGTTGTACCTTTAGCGGTGGAATTAACCGCCCACCGCCTGGCACTTCCCAGATAAATCGCAACGGTTCTGCTGCCGCTATACCGGAAAAGGCCACGGTGGTTCCGCTCTGCCCCTCTAATTCGACACAACGAGATTGCGAACACAAGCGAACC > NC_000913/1962480‑1962760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |