| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 704,083 | C→A | A47E (GCG→GAG) | nagE → | N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme IIC, IIB, and IIA components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 704,083 | 0 | C | A | 93.3% | 111.7 / NA | 46 | A47E (GCG→GAG) | nagE | N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme IIC, IIB, and IIA components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base A (21/21); total (24/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCAT > NC_000913/703942‑704212 | aGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGAGACTCGGTCAGCCAGATTTACTTACCGTTGCGTTTATTGCCGAGCCGGGCGGTTCg > 2:866044/1‑143 (MQ=255) gAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCCCTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGCTTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGAttt > 1:618856/1‑143 (MQ=255) aaTGTTTTGGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGACGCGGTCCGCCGGATTTTACAAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGAtttt < 2:741705/143‑1 (MQ=255) tAGGTTTTTTCCAGCGACGCGGGAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAAc < 1:879497/143‑1 (MQ=255) tttCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCAt < 1:761482/143‑1 (MQ=255) gCGACGCGGTAGGGCGTTACCGCCCCCGATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTGGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCt < 1:497263/143‑1 (MQ=255) gACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTc < 2:260687/143‑1 (MQ=255) cTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATACCCTCGCCTTAATCTTCGc > 1:349584/1‑143 (MQ=255) tCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGCTTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCCGCCGGGCGGTGCGGTTCTTGATAACCTCGCCTTCATCTTCgac > 1:553494/1‑141 (MQ=255) ggTAGGGCGTTACAGCTCCCTATAGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTGACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTGTTGATAAAGTCGCATTAATCTTCGccct > 2:693860/1‑141 (MQ=255) ggCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGgtg > 1:524064/1‑143 (MQ=255) cGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTGACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCAGtgtg > 2:805128/1‑143 (MQ=255) tgaCAGCGCCCTGTCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGc < 1:150279/141‑1 (MQ=255) tACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCa > 1:780324/1‑143 (MQ=255) cAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATc < 2:518718/143‑1 (MQ=255) cAGCTCCCTAGCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATc < 2:254460/143‑1 (MQ=255) aGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACTTCGCATTAATCTTCGCCACCGGCGTGGCATcc > 2:468012/1‑143 (MQ=255) gCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAACCTTCGCCCTCGGTGTGGCTTCCa > 1:248898/1‑143 (MQ=255) cTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACATTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAg < 1:552034/143‑1 (MQ=255) tATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGt > 1:737903/1‑143 (MQ=255) cgctgctgcCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGaaa < 2:530571/140‑1 (MQ=255) cgGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGaaa < 2:770689/143‑1 (MQ=255) cgGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGaaa < 1:264678/143‑1 (MQ=255) cgGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCAGTAATCTGCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGaaa < 2:600829/143‑1 (MQ=255) tgctgcCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGAc < 1:820474/143‑1 (MQ=255) ggcACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTAGACATGCGTGTGTCGGCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTgcgg > 1:855306/1‑143 (MQ=255) ggcACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTGTTGATAACCTCGCATTAATCCTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGcggcgg > 2:395640/1‑143 (MQ=255) ctgcGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGc > 1:225350/1‑143 (MQ=255) gcGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCACAGGCGGGTGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCAGTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGACAGACAGCGCCGGTGCGGGGGCGCTGGCgg > 1:905691/1‑143 (MQ=255) cGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCggg > 1:178380/1‑143 (MQ=255) tgcGGTCAGCCAGAGTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGc < 2:618856/141‑1 (MQ=255) ggTGAGCCGTATTTGCTCTACGTTGCGTTTAGTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTGCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGt < 2:895464/143‑1 (MQ=255) gTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTa > 1:534908/1‑143 (MQ=255) aGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTCTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGCGCGCGGTACGTTACt > 2:339506/1‑143 (MQ=255) tttACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTtg > 1:680042/1‑143 (MQ=255) ttccTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGTGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCAGCCAGCTGGTCGAGAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTtgt < 2:53644/140‑1 (MQ=255) tACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTtgtg > 1:555657/1‑143 (MQ=255) ttATCGTTGCCTTGATGGCCCAGGCGGGCTGTGATATTTTTGATCGCCTCGCATTACTCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGGCGAAAGACAGCGCTGGGGCGGCGGCGCTGGCGTGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTa < 2:831786/143‑1 (MQ=255) ttAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTa > 1:216509/1‑143 (MQ=255) tagcGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTCTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGACAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTATGTTACTTTGTGTTaa < 1:866044/140‑1 (MQ=255) tAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTGGTGTTaa > 1:534797/1‑143 (MQ=255) aaCGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAAc > 1:122633/1‑143 (MQ=255) ctgggggcaggaggcAGGCGGGCGGGGAGAGGTTTGATAGCCGCGCAGGGAGGGGCGCCATGGGTGTGGCATCCAGCGGGTCGAAAGACAGGGCTGGTGGGGCGGCGCGGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCaaa < 2:494190/129‑1 (MQ=255) tttttGCCCAGGCGGGCGGTCAGATTGTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATg < 2:820903/140‑1 (MQ=255) ccAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCa > 1:514003/1‑143 (MQ=255) cAGGCGGGCGGTTAGATTTGTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCAt < 2:720967/143‑1 (MQ=255) | AGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCAT > NC_000913/703942‑704212 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |