| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,157,900 | +A | coding (32/1434 nt) | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,157,896 | 1 | . | A | 84.6% | 90.8 / 13.4 | 40 | coding (28/1434 nt) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/1); new base A (16/17); total (21/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑A‑A‑AAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGT > NC_000913/1157756‑1158032 | aCTCTGGGCAATAAATAAAGGTCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑a‑a < 2:748978/143‑1 (MQ=255) tgtgTAATAAATAAAGGGCGCTTATATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAACGCACCCATACTCACGAGCACTCTCAACTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑a‑a‑aaag > 2:435556/1‑141 (MQ=255) tgtgTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCCATCTCAGGATCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑a‑a‑aaag > 1:211206/1‑141 (MQ=255) tgtgTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCACTTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑a‑acaaa > 1:526199/1‑139 (MQ=255) 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gCATTTGCTAACCTGCAA‑A‑AAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGGTATGGccgccggcg > 1:62926/1‑135 (MQ=255) gCATTGGCTAACCTGCGT‑A‑AAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCCTACTGCCTATCGCAGGGATTCTGCTGTGCGTCGGTTTCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCACCGGTGAATCGCTTGTTATGGCAGAAGCAg < 2:914864/143‑1 (MQ=255) cATTTGCTAACCTGCAA‑A‑AAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAgg < 1:541036/143‑1 (MQ=255) cTAACCTGCAA‑A‑AAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGAAGAAGCAGGCGGTTc > 1:887244/1‑143 (MQ=255) aaCCTGCAA‑A‑AAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCg > 1:416822/1‑143 (MQ=255) aCCTGC‑ACA‑AAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGCATCAGTACTGCCTGTCGCACGTATCCAGCAGGGCGACGGTTCCGCGAATGTCACCGGGCGGCCCGCCGATGCATCGCACGTTATGCCACcagcagtccgtccaat > 2:56859/1‑133 (MQ=255) | ACTCTGTGTAATAAATAAAGGGCGCTTAGATGCCCTGTACACGGCGAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGC‑A‑A‑AAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGT > NC_000913/1157756‑1158032 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |