| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 257908 = | NA (NA) | 68 (1.290) | 56/282 | 0.0 | 93.2% | intergenic (+9/‑768) | crl/crl | pseudogene, sigma factor‑binding protein, RNA polymerase holoenzyme formation stimulator,regulator, Surface structures, transcriptional regulator of cryptic csgA gene for curli surface fibers/pseudogene, sigma factor‑binding protein, RNA polymerase holoenzyme formation stimulator,regulator, Surface structures, transcriptional regulator of cryptic csgA gene for curli surface fibers |
| ? | NC_000913 | = 700605 | 5 (0.090) | coding (990/1221 nt) | nagC | N‑acetylglucosamine‑inducible nag divergent operon transcriptional repressor | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GCTCAGAACGTACCACCGGCAGATTAGTGCGAAACGCCTTCAGCGCCTGGGTATTAATGCAGCTTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTCACCGGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGTTGATAGCAATGGCGATGGTTTTACCCAGATGACGACCGACATACTCAATTACTTCCGACGCCAGACTATCGCCTTTGTTCGCGGCTTTGCAGATAGTTTTGATGGTGCAGTCGTCCAGCGGCACGCGGCTCTGGTAGCCCTGC > NC_000913/700463‑700746 | tgccggcggtggttttgccgttaggcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAATAAGTTg < 2:266896‑M2/9‑1 (MQ=255) tCAGAACGTACCACCGGCAGATTAGTGCGAAACGCCTTCAGCGCCTGGGTCTTACTGCAGCTTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCCGTGATTTCACCGGCAATAACAATGTATTGCGGAGTAAATAAGTTGgg < 2:16195‑M2/143‑3 (MQ=255) tCAGAACGTACCACCGGCAGATTAGTGCGAAACGCCTTCAGCGCCTGGGTATTAATGCAGCTTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTCACCGGCAATAACAATGTGTTGCGGATTAAATCAGTCGgg < 1:342819‑M2/143‑3 (MQ=255) cggtcggtgttttgtccgagacgcaacacctcgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaagcagtaagttggcagcatcaccAATAAGTTGAt < 2:65491‑M2/11‑1 (MQ=255) cggcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAATAAGTTGATa < 2:78441‑M2/12‑1 (MQ=255) cggcggtgccgctgccgttacccaccaacccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaacttggcagcctcaccAATAAGTTGATa < 2:717743‑M2/12‑1 (MQ=255) cAGAACGTACCACCGGCAGATTAGTGCGAAACGCCTTCAGCGCCTGGGTATTAATGCAGCTTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTCACGGGCAATGACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGTTGggt < 1:344000‑M2/143‑4 (MQ=255) tgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAATAAGTTGATAGCAATg > 1:230227‑M2/126‑143 (MQ=255) gTACCACCGGCAGATTAGTGCGAAACGCCTTCAGCGCCTGGGTATTAATGCAGCTTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATAGGCGGTGTTCATCTCACCGGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGTTGggtaatgac < 1:212649‑M2/143‑10 (MQ=255) 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cGGCAGATTAGTGCGAAACGCAGTCAGCGGCTGGGTATTAATGCAGCGTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTCACCGGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGTTGggtaatgactccaact > 1:463865‑M2/1‑127 (MQ=255) gCAGAGCAGTGCGAAACGCCTTCAGCGCCGGGGTATTAATGCAGCGTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTCACCGGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGTTGggtaatgactccaactta > 1:703632‑M2/1‑125 (MQ=255) cAGAGTAGTGCGAAACGCCGTCAGCGCCTGGGTATTAATGCAGCTTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTCACCGGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGTTGggtaatgactccaacttat > 1:744523‑M2/1‑124 (MQ=255) ttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttgacagcatcaccAATAAGTTGAGACCaacggcgaacgttcc > 2:710089‑M2/115‑136 (MQ=255) aGATTAGTGCGAAACGCCTTCAGCGCCTGGGTATTAATGCAGCTTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTCACCGGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGTTGggtaatgactccaacttatt > 1:544292‑M2/1‑123 (MQ=255) tacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAATAAGTTGATAGCAATGGCGATGGTTTTa < 2:920609‑M2/30‑1 (MQ=255) ttAGTGCGAAACGCCTTCAGCGCCTGGGTATTAATGCAGCTTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTCACCGGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGTTGggtaatgactccaacttattgat > 2:919042‑M2/1‑120 (MQ=255) gagTGCGAAGCGCCTTCAGCGCCTGGGTATTAATGCAGCTTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTCACCGGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATACGTTGggtaatgactccaacttattgata > 2:818324‑M2/2‑119 (MQ=255) aggcgtgacgccctcAGCGGTTGGCTATTCATGCAGCTTTCCAGAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGACTTCAGTGAGTTCACCGGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGTTGggtaatgactccaacttattgatagt > 2:537136‑M2/8‑117 (MQ=255) accccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAATAAGTTGATAGCAATGGCGATGGTTTTACCCAGATg > 2:652867‑M2/106‑143 (MQ=255) cccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAATAAGTTGATAGCAATGGCGATGGTTTTACCCAGATgac < 1:362086‑M2/40‑1 (MQ=255) gacGCCGTCTGCGGCTGGGTATTAATGCAGCTTTCAATAGAAGGGAACAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTGACCGGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATAATTTGggtaatgactccaacttattgatagtgtttta > 2:665579‑M2/2‑111 (MQ=255) cGCCTTCAGCGCCTGGGTATTAATGCAGCTTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCAGTGATTTCACCAGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGGTGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatg < 1:618824‑M2/143‑35 (MQ=255) cGCCTTCAGCGCCTGGGTATTAATGCACCTTTCCATAGCAGCGAGCAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTCACCGGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGTTGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatg > 1:551814‑M2/1‑109 (MQ=255) ccTTCAGCGCCTGGGTATTAATGCAGCTTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTCACCGGCAATGACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGTTGggtaatgactccaacttattgatagtgctgtatgtt < 1:189777‑M2/143‑37 (MQ=255) 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cgggtaatgactccaacttattgatagtgctttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcacctccaccgatttggagaacgacagcgacttccgtcccagccgtaccaggtgctgccgcagactcgggttattccg < 2:584578‑M2/142‑142 (MQ=255) | GCTCAGAACGTACCACCGGCAGATTAGTGCGAAACGCCTTCAGCGCCTGGGTATTAATGCAGCTTTCAATAGCAGGGAGCAGCACTTTATCGGCTTCGGTGATTTCACCGGCAATAACAATTTTTTGCGGATTAAATAAGTTGATAGCAATGGCGATGGTTTTACCCAGATGACGACCGACATACTCAATTACTTCCGACGCCAGACTATCGCCTTTGTTCGCGGCTTTGCAGATAGTTTTGATGGTGCAGTCGTCCAGCGGCACGCGGCTCTGGTAGCCCTGC > NC_000913/700463‑700746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |