Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009132,642,2660TG34.1% 103.4 / 13.2 44T193T (ACA→ACC) rodZtransmembrane component of cytoskeleton
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (7/22);  new base G (15/0);  total (22/22)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-06
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

TCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACG  >  NC_000913/2642234‑2642300
                                |                                  
tCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGgtgt                                  <  1:662392/35‑1 (MQ=255)
 cAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGtt                                 <  1:463008/35‑1 (MQ=255)
 cAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGtt                                 <  1:2286206/35‑1 (MQ=255)
 cAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGtt                                 >  1:6782071/1‑35 (MQ=255)
  aaCAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGttt                                <  1:1952381/35‑1 (MQ=255)
  aaCAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGttt                                >  1:3136842/1‑35 (MQ=255)
  aaCAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGttt                                >  1:1747394/1‑35 (MQ=255)
   aCAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTg                               >  1:197108/1‑35 (MQ=255)
   aCAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTg                               >  1:7684430/1‑35 (MQ=255)
   aCAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTg                               >  1:6284761/1‑35 (MQ=255)
    cAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGc                              >  1:5967861/1‑35 (MQ=255)
     aGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCg                             <  1:3971222/35‑1 (MQ=255)
      gCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCgt                            >  1:6457354/1‑35 (MQ=255)
      gCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCgg                            >  1:244827/1‑34 (MQ=38)
       cTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCgtg                           >  1:2568583/1‑35 (MQ=255)
        tGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCgtgt                          <  1:4289559/35‑1 (MQ=255)
        tGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCgtgt                          <  1:4861723/35‑1 (MQ=255)
         ggTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTgtt                         <  1:3833451/35‑1 (MQ=255)
         ggTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTgtt                         <  1:6865876/35‑1 (MQ=255)
         ggTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTgtt                         >  1:7799601/1‑35 (MQ=255)
          gTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTgttg                        >  1:3941353/1‑35 (MQ=255)
          gTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGGgttg                        >  1:6141965/1‑35 (MQ=37)
          gTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGGgttg                        >  1:6150619/1‑35 (MQ=37)
          gTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGGgttg                        >  1:4676666/1‑35 (MQ=37)
           tGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTgttgg                       >  1:2096314/1‑35 (MQ=255)
             cTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTgttggtt                     >  1:375942/1‑35 (MQ=255)
             cTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTgttggtt                     >  1:4061706/1‑35 (MQ=255)
             cTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTgttggtt                     >  1:5231597/1‑35 (MQ=255)
             cTGGCGCAGTTACGGCAGGGGTTTGCGTgttggtt                     >  1:6374192/1‑35 (MQ=255)
              tGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTgttggttg                    <  1:1373064/35‑1 (MQ=255)
                gcgcAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCg                  <  1:6251503/35‑1 (MQ=255)
                 cgcAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCgg                 <  1:544425/35‑1 (MQ=255)
                  gcAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGgt                <  1:1097630/35‑1 (MQ=255)
                   cAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGgta               <  1:489117/35‑1 (MQ=255)
                    aGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGgtag              <  1:5882863/35‑1 (MQ=255)
                    aGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGgtag              <  1:1955413/35‑1 (MQ=255)
                    aGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGgtag              <  1:1383931/35‑1 (MQ=255)
                     gTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGgtagt             <  1:2580340/35‑1 (MQ=255)
                        aCGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATc          <  1:3645398/35‑1 (MQ=255)
                        aCGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATc          <  1:6810237/35‑1 (MQ=255)
                         cGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATcc         >  1:7303614/1‑35 (MQ=255)
                          ggCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCca        <  1:2745727/35‑1 (MQ=255)
                           gCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCcac       >  1:1765337/1‑35 (MQ=255)
                           gCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCcac       >  1:1677299/1‑35 (MQ=255)
                            cAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCcaca      <  1:443308/35‑1 (MQ=255)
                            cAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCcaca      <  1:2953872/35‑1 (MQ=255)
                             aGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAg     >  1:4775104/1‑35 (MQ=255)
                              ggTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGa    >  1:1890657/1‑35 (MQ=255)
                                tgtTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACg  >  1:5118489/1‑35 (MQ=255)
                                tgtTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACg  >  1:789960/1‑35 (MQ=255)
                                |                                  
TCAACAGCTGGTGCTGGCGCAGTTACGGCAGGTGTTTGCGTGTTGGTTGCGGTAGTATCCACAGACG  >  NC_000913/2642234‑2642300

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑