BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	NC_000913	4,354,915	G→A	intergenic (‑198/+39)	lysU ← / ← dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,354,915	0	G	A	100.0%	597.3 / NA	139	intergenic (‑198/+39)	lysU/dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (58/81); total (58/81)

Only 100 of 140 total aligned reads displayed.

TTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTT > NC_000913/4354883‑4354946

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  attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                             <  1:2980555/35‑1 (MQ=255)

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   ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                            <  1:2700139/35‑1 (MQ=255)

   ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                            <  1:1842416/35‑1 (MQ=255)

   ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                            >  1:7443196/1‑35 (MQ=255)

   ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                            >  1:4526761/1‑35 (MQ=255)

   ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                            <  1:1032227/35‑1 (MQ=255)

   ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                            >  1:844778/1‑35 (MQ=255)

    taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                           <  1:155609/35‑1 (MQ=255)

    taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                           <  1:1604557/35‑1 (MQ=39)

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     aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa                          >  1:7785731/1‑35 (MQ=255)

      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         >  1:2495069/1‑35 (MQ=255)

      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         <  1:3624789/35‑1 (MQ=39)

      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         >  1:5345744/1‑35 (MQ=255)

      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         <  1:6989070/35‑1 (MQ=39)

      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         <  1:6026551/35‑1 (MQ=255)

      aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                         >  1:1548613/1‑35 (MQ=39)

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       tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                        >  1:1420892/1‑35 (MQ=39)

       tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                        <  1:5612609/35‑1 (MQ=39)

        ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                       <  1:2218399/35‑1 (MQ=255)

        ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                       <  1:6904160/35‑1 (MQ=39)

        ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                       <  1:6043314/35‑1 (MQ=39)

        ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                       <  1:35554/35‑1 (MQ=255)

         tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                      <  1:661743/35‑1 (MQ=39)

           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    <  1:3948600/35‑1 (MQ=255)

           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    <  1:4514166/35‑1 (MQ=39)

           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    >  1:6744495/1‑35 (MQ=255)

           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    >  1:6210623/1‑35 (MQ=39)

           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    <  1:848228/35‑1 (MQ=39)

           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    <  1:115515/35‑1 (MQ=39)

           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    >  1:6956106/1‑35 (MQ=255)

           gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                    <  1:1790366/35‑1 (MQ=39)

            aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                   <  1:4361507/35‑1 (MQ=39)

            aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                   >  1:5661584/1‑35 (MQ=39)

            aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                   <  1:3392494/35‑1 (MQ=39)

            aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                   <  1:7156876/35‑1 (MQ=39)

            aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                   <  1:335200/35‑1 (MQ=39)

             tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                  <  1:5949824/35‑1 (MQ=255)

             tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                  >  1:7638285/1‑35 (MQ=255)

             tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                  >  1:13940/1‑35 (MQ=39)

              ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                 <  1:811514/35‑1 (MQ=255)

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              ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                 >  1:5632969/1‑35 (MQ=38)

              ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                 <  1:6582459/35‑1 (MQ=255)

               tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                <  1:7206900/35‑1 (MQ=255)

               tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                <  1:4741704/35‑1 (MQ=255)

               tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                <  1:6071142/35‑1 (MQ=255)

               tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                <  1:5481730/35‑1 (MQ=38)

               tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                <  1:2146769/35‑1 (MQ=38)

               tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                <  1:4876318/35‑1 (MQ=255)

                gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa               >  1:5308440/1‑35 (MQ=38)

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                gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa               >  1:1483904/1‑35 (MQ=255)

                 ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa              <  1:1295763/35‑1 (MQ=255)

                 ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa              >  1:107016/1‑35 (MQ=38)

                 ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa              >  1:657848/1‑35 (MQ=38)

                  tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc             <  1:4751325/35‑1 (MQ=38)

                  tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc             <  1:493180/35‑1 (MQ=255)

                   aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc            >  1:7849971/1‑35 (MQ=255)

                   aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc            <  1:6282389/35‑1 (MQ=255)

                   aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc            <  1:2252545/35‑1 (MQ=255)

                    gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa           <  1:2566139/35‑1 (MQ=255)

                    gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa           >  1:2830469/1‑35 (MQ=255)

                     tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa          >  1:1919266/1‑35 (MQ=255)

                     tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa          >  1:7410641/1‑35 (MQ=255)

                     tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa          >  1:5455631/1‑35 (MQ=255)

                     tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa          >  1:3946940/1‑35 (MQ=255)

                      gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt         <  1:4019043/35‑1 (MQ=38)

                      gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt         <  1:7580317/35‑1 (MQ=38)

                      gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt         <  1:3418620/35‑1 (MQ=38)

                       ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt        >  1:7339312/1‑35 (MQ=38)

                       ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt        >  1:2575813/1‑35 (MQ=38)

                       ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt        >  1:2027994/1‑35 (MQ=255)

                        tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg       >  1:3141674/1‑35 (MQ=255)

                        tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg       <  1:7741422/35‑1 (MQ=255)

                        tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg       >  1:1737858/1‑35 (MQ=255)

                        tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg       >  1:674470/1‑35 (MQ=255)

                         ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt      >  1:7136566/1‑35 (MQ=38)

                         ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt      >  1:2014589/1‑35 (MQ=255)

                         ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt      >  1:1757056/1‑35 (MQ=38)

                         ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt      <  1:401860/35‑1 (MQ=38)

                         ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt      >  1:2861745/1‑35 (MQ=38)

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                           aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt    <  1:1275205/35‑1 (MQ=38)

                            aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt   <  1:3869465/35‑1 (MQ=255)

                            aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt   <  1:4325058/35‑1 (MQ=255)

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                            aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt   <  1:6463541/35‑1 (MQ=255)

                            aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt   <  1:2150507/35‑1 (MQ=255)

                             aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt  <  1:5153213/35‑1 (MQ=255)

TTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTT > NC_000913/4354883‑4354946

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 30 ≤` `ATCG/ATCG` `< 35 ≤` `ATCG/ATCG` `< 38 ≤` `ATCG/ATCG` `< 40 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`