Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	4,438,124	T→C	W140R (TGG→CGG)	ytfI →	protein YtfI

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,438,124	0	T	C	100.0%	411.3 / NA	94	W140R (TGG→CGG)	ytfI	protein YtfI
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (51/43);  total (51/43)

TCCGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCTGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACA  >  NC_000913/4438093‑4438154                                |                               tCCGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCggg                             >  1:2340572/1‑35 (MQ=39) tCCGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCggg                             >  1:656967/1‑35 (MQ=38)  ccGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGa                            <  1:4704300/35‑1 (MQ=39)   cGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGat                           >  1:107545/1‑35 (MQ=39)   cGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGat                           >  1:5433126/1‑35 (MQ=39)   cGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGat                           >  1:7449844/1‑35 (MQ=255)   cGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGat                           >  1:3635013/1‑35 (MQ=38)   cGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGat                           >  1:6514674/1‑35 (MQ=255)   cGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGat                           >  1:3355632/1‑35 (MQ=39)    gTTAGAGCAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGata                          >  1:4235289/1‑35 (MQ=38)    gTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGata                          <  1:6013164/35‑1 (MQ=255)    gTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGata                          <  1:294456/35‑1 (MQ=255)    gTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGata                          >  1:7398412/1‑35 (MQ=255)     ttAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGatat                         <  1:2950775/35‑1 (MQ=39)     ttAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGatat                         <  1:3814485/35‑1 (MQ=39)     ttAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGatat                         >  1:2861193/1‑35 (MQ=255)      tAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATAtt                        <  1:3507308/35‑1 (MQ=39)      tAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATAtt                        <  1:415652/35‑1 (MQ=255)       aGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTc                       <  1:2519209/35‑1 (MQ=255)       aGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTc                       >  1:6017744/1‑35 (MQ=39)       aGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTc                       >  1:7682588/1‑35 (MQ=255)       aGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTc                       <  1:6136721/35‑1 (MQ=39)       aGAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTc                       >  1:5699511/1‑35 (MQ=255)       aGAACAAAACAGACGATTGTACGCCCGGGATATTc                       <  1:160610/35‑1 (MQ=37)        gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      >  1:7219570/1‑35 (MQ=255)        gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      >  1:4518040/1‑35 (MQ=39)        gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      >  1:1501175/1‑35 (MQ=39)        gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      <  1:3785814/35‑1 (MQ=39)        gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      <  1:6355157/35‑1 (MQ=255)        gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      >  1:6031783/1‑35 (MQ=255)        gAACAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCt                      >  1:2712501/1‑35 (MQ=255)         aaCAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTa                     >  1:3181700/1‑35 (MQ=255)         aaCAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTa                     <  1:6035995/35‑1 (MQ=39)          aCAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTAc                    >  1:4548969/1‑35 (MQ=255)           cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   <  1:3275095/35‑1 (MQ=255)           cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   <  1:3127696/35‑1 (MQ=255)           cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   >  1:3358289/1‑35 (MQ=39)           cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   >  1:723963/1‑35 (MQ=255)           cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   <  1:2276420/35‑1 (MQ=255)           cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   <  1:2835055/35‑1 (MQ=255)           cAAAACAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACa                   >  1:1481788/1‑35 (MQ=255)            aaaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAg                  >  1:4051099/1‑35 (MQ=255)            aaaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAg                  <  1:4550349/35‑1 (MQ=255)            aaaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAg                  <  1:925941/35‑1 (MQ=255)            aaaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAg                  <  1:2163820/35‑1 (MQ=255)             aaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGa                 >  1:7151370/1‑35 (MQ=255)             aaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGa                 <  1:4543845/35‑1 (MQ=255)             aaaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGa                 >  1:2532345/1‑35 (MQ=255)              aaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaa                <  1:4498958/35‑1 (MQ=255)              aaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaa                <  1:3829778/35‑1 (MQ=255)              aaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaa                <  1:7462841/35‑1 (MQ=255)              aaCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaa                <  1:4093020/35‑1 (MQ=255)               aCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaa               >  1:5692050/1‑35 (MQ=255)               aCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaa               >  1:2548801/1‑35 (MQ=255)               aCAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaa               >  1:7542511/1‑35 (MQ=255)                cAGACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaa              <  1:3023446/35‑1 (MQ=255)                  gACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaaaa            <  1:7224593/35‑1 (MQ=255)                  gACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaaaa            <  1:1817937/35‑1 (MQ=255)                  gACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaaaa            >  1:6756768/1‑35 (MQ=255)                  gACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaaaa            <  1:719445/35‑1 (MQ=255)                  gACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaaaa            <  1:541077/35‑1 (MQ=255)                  gACGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGaaaaaa            <  1:4049531/35‑1 (MQ=255)                   aCGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAAc           >  1:7234605/1‑35 (MQ=255)                   aCGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAAc           >  1:2371665/1‑35 (MQ=255)                   aCGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAAc           >  1:1406090/1‑35 (MQ=255)                    cGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACa          >  1:7208589/1‑35 (MQ=255)                    cGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACa          >  1:4774069/1‑35 (MQ=255)                    cGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACa          >  1:6196778/1‑35 (MQ=255)                    cGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACa          >  1:4687069/1‑35 (MQ=255)                    cGATTGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACa          >  1:6528500/1‑35 (MQ=255)                       ttGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTc       <  1:5135864/35‑1 (MQ=255)                       ttGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTc       <  1:2014661/35‑1 (MQ=38)                        tGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCt      >  1:6874243/1‑35 (MQ=38)                        tGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCt      <  1:5778415/35‑1 (MQ=38)                        tGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCt      <  1:612502/35‑1 (MQ=38)                        tGTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCt      >  1:4330291/1‑35 (MQ=255)                         gTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTg     >  1:176596/1‑35 (MQ=38)                         gTATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTg     >  1:7631881/1‑35 (MQ=38)                          tATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGa    >  1:7616894/1‑35 (MQ=255)                          tATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGa    >  1:94503/1‑35 (MQ=38)                          tATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGa    <  1:7005818/35‑1 (MQ=255)                          tATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGa    >  1:5619635/1‑35 (MQ=38)                          tATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGa    >  1:3660503/1‑35 (MQ=255)                          tATGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGa    <  1:3013065/35‑1 (MQ=38)                           aTGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGAc   >  1:2109796/1‑35 (MQ=255)                           aTGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGAc   <  1:1522838/35‑1 (MQ=255)                           aTGCCCCGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGAc   <  1:3315298/35‑1 (MQ=37)                            tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  <  1:7088654/35‑1 (MQ=255)                            tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  <  1:6138039/35‑1 (MQ=255)                            tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  >  1:4925356/1‑35 (MQ=38)                            tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  >  1:448964/1‑35 (MQ=255)                            tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  <  1:2762737/35‑1 (MQ=255)                            tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  <  1:1706890/35‑1 (MQ=255)                            tGCCCGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACa  >  1:1183235/1‑35 (MQ=255)                                |                               TCCGTTAGAACAAAACAGACGATTGTATGCCTGGGATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACA  >  NC_000913/4438093‑4438154

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑