| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,801,078 | (T)7→6 | coding (922/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 98.2% | 257.8 / ‑1.2 | 57 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (38/18); total (38/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117 | cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:533809/50‑1 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:1108060/49‑1 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:2880898/49‑1 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:3593447/49‑1 (MQ=255) aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:3878848/1‑49 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:5998579/50‑2 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:2989818/49‑1 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt > 1:2360860/1‑49 (MQ=255) ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:3072056/50‑3 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:4146490/49‑2 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:2051285/1‑50 (MQ=255) cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:589575/50‑1 (MQ=255) tGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:2938040/1‑49 (MQ=39) gagaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:5938017/1‑49 (MQ=39) gagaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:515971/1‑49 (MQ=39) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:3979349/1‑50 (MQ=255) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:193527/49‑1 (MQ=39) gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:4006498/1‑49 (MQ=39) atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:3363667/50‑1 (MQ=255) atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat > 1:2727739/1‑49 (MQ=39) ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:2239350/1‑50 (MQ=255) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:5710098/1‑50 (MQ=255) aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:2014834/1‑49 (MQ=39) atgatgTTGCGCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:1105539/50‑1 (MQ=255) tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:919746/1‑50 (MQ=255) tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:2631553/1‑50 (MQ=255) tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:5166699/50‑1 (MQ=255) gatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:722969/1‑50 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt > 1:3177658/1‑50 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:2399811/50‑1 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:6167738/50‑1 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:2404441/49‑1 (MQ=39) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:202397/50‑1 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:187076/50‑1 (MQ=255) ttGCACTAAAAGGTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATCATTGATTTCg > 1:1905189/1‑49 (MQ=37) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:4708591/1‑49 (MQ=39) tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:2039500/1‑50 (MQ=255) tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:4462807/1‑50 (MQ=255) gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:4317309/49‑1 (MQ=39) gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:212787/1‑50 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:511409/49‑1 (MQ=39) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:191658/49‑1 (MQ=39) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:3244987/50‑1 (MQ=255) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:124782/1‑50 (MQ=255) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:1961895/50‑1 (MQ=255) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:2355227/1‑50 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:3888216/1‑50 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:5397069/50‑1 (MQ=255) aaaaGATGTTTCTATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCgc > 1:1840981/1‑49 (MQ=38) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:2136475/1‑50 (MQ=255) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:4036871/1‑50 (MQ=255) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:2957414/1‑50 (MQ=255) aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:2413237/1‑49 (MQ=39) gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:4527461/1‑47 (MQ=39) gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:451878/1‑47 (MQ=39) gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGgag < 1:5703187/50‑1 (MQ=255) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:4763366/1‑48 (MQ=39) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:3375857/1‑48 (MQ=39) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:2113489/1‑48 (MQ=39) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:1705221/1‑48 (MQ=39) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:3816601/1‑48 (MQ=39) tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag > 1:930844/1‑50 (MQ=255) tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:3646484/1‑49 (MQ=39) tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt < 1:145800/49‑1 (MQ=39) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:4373133/1‑50 (MQ=255) atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:2997157/1‑50 (MQ=255) | CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |