BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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MC JC	NC_000913	1,299,499	Δ1,199 bp		insH21	insH21

Missing coverage evidence...
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*	*	÷	NC_000913	1299499	1300697	1199	89 [0]	[0] 88	insH21	insH21

New junction evidence
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*	?	NC_000913	= 1299498	0 (0.000)	82 (1.080)	57/90	0.0	100%	intergenic (+253/‑33)	ychE/insH21	putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator
*	?	NC_000913	1300698 =	0 (0.000)	82 (1.080)	57/90	0.0	100%	intergenic (+151/‑484)	insH21/oppA	IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein

GACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAA  >  NC_000913/1300649‑1300746

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ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaa                                                  <  1:5319452‑M2/1‑1 (MQ=255)

ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaa                                                  <  1:535122‑M2/1‑1 (MQ=255)

 tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaa                                                  >  1:3618616‑M2/49‑49 (MQ=255)

 tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaa                                                  >  1:5088904‑M2/49‑49 (MQ=255)

  gaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat                                                 <  1:994446‑M2/2‑1 (MQ=255)

  gaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat                                                 >  1:39716‑M2/48‑49 (MQ=255)

   aaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                               <  1:5857036‑M2/4‑1 (MQ=255)

   aaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                               >  1:822534‑M2/47‑50 (MQ=255)

   aaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                               >  1:6051478‑M2/47‑50 (MQ=255)

   aaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                               <  1:1850108‑M2/4‑1 (MQ=255)

    aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat                                              <  1:1378691‑M2/5‑1 (MQ=255)

    aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat                                              <  1:1719267‑M2/5‑1 (MQ=255)

    aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                               >  1:2928083‑M2/46‑49 (MQ=255)

     atgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat                                              >  1:4813476‑M2/45‑49 (MQ=255)

      tgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa                                            >  1:2497336‑M2/44‑50 (MQ=255)

        atattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataat                                           >  1:6015817‑M2/42‑49 (MQ=255)

        atattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataat                                           <  1:5615580‑M2/8‑1 (MQ=255)

        atattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataat                                           >  1:3614144‑M2/42‑49 (MQ=255)

        atattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc                                          <  1:2410945‑M2/9‑1 (MQ=255)

         tattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc                                          >  1:3105128‑M2/41‑49 (MQ=255)

          attattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa                                        >  1:1275508‑M2/40‑50 (MQ=255)

           ttattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt                                       >  1:3873042‑M2/39‑50 (MQ=255)

           ttattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt                                       >  1:3213805‑M2/39‑50 (MQ=255)

           ttattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt                                       <  1:5770653‑M2/12‑1 (MQ=255)

            tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt                                      >  1:4660988‑M2/38‑50 (MQ=255)

            tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt                                      >  1:4354386‑M2/38‑50 (MQ=255)

            tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt                                      >  1:142675‑M2/38‑50 (MQ=255)

             attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg                                     >  1:5766903‑M2/37‑50 (MQ=255)

              ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg                                     <  1:2007745‑M2/14‑1 (MQ=255)

              ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt                                    <  1:4262604‑M2/15‑1 (MQ=255)

              ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt                                    >  1:5789755‑M2/36‑50 (MQ=255)

               taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt                                    >  1:2758061‑M2/35‑49 (MQ=255)

                aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt                                   >  1:4470921‑M2/34‑49 (MQ=255)

                aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt                                   <  1:5542874‑M2/16‑1 (MQ=255)

                aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt                                   >  1:293324‑M2/34‑49 (MQ=255)

                 attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa                                 <  1:105905‑M2/18‑1 (MQ=255)

                 attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa                                  <  1:5977480‑M2/17‑1 (MQ=255)

                 attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa                                  <  1:1664078‑M2/17‑1 (MQ=255)

                  ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa                                <  1:1378266‑M2/19‑1 (MQ=255)

                  ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa                                <  1:1896183‑M2/19‑1 (MQ=255)

                  ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa                                <  1:908770‑M2/19‑1 (MQ=255)

                    ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat                               <  1:2448069‑M2/20‑1 (MQ=255)

                    ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat                               >  1:5616668‑M2/30‑49 (MQ=255)

                     cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatta                             >  1:1572010‑M2/29‑50 (MQ=255)

                     cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatt                              <  1:1355715‑M2/21‑1 (MQ=255)

                     cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatt                              <  1:1606818‑M2/21‑1 (MQ=255)

                      actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattat                            >  1:5014395‑M2/28‑50 (MQ=255)

                         gcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt                         >  1:3048533‑M2/25‑50 (MQ=255)

                          cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt                         <  1:5988000‑M2/26‑1 (MQ=255)

                          cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt                         <  1:2458788‑M2/26‑1 (MQ=255)

                           ctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGc                       <  1:5225776‑M2/28‑1 (MQ=255)

                           ctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGc                       <  1:2353371‑M2/28‑1 (MQ=255)

                            tttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCa                      >  1:6153058‑M2/22‑50 (MQ=255)

                              tggtagaggacagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt                    >  1:2634102‑M2/20‑50 (MQ=255)

                              tggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt                    >  1:420074‑M2/20‑50 (MQ=255)

                               ggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt                    <  1:1447751‑M2/31‑1 (MQ=255)

                                gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAttt                   >  1:2428635‑M2/18‑49 (MQ=255)

                                gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAttt                   <  1:2895109‑M2/32‑1 (MQ=255)

                                gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAttt                   <  1:2867597‑M2/32‑1 (MQ=255)

                                gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc                  <  1:1928453‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                 tagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa                 >  1:3203454‑M2/17‑50 (MQ=255)

                                   gaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact               <  1:3154938‑M2/36‑1 (MQ=255)

                                   gaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact               <  1:1021627‑M2/36‑1 (MQ=255)

                                   gaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac                >  1:2728781‑M2/15‑49 (MQ=255)

                                    aggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta              >  1:4636406‑M2/14‑50 (MQ=255)

                                    aggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta              <  1:693729‑M2/37‑1 (MQ=255)

                                    aggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta              <  1:3141731‑M2/37‑1 (MQ=255)

                                     ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac             <  1:2404544‑M2/38‑1 (MQ=255)

                                      gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact            <  1:5518492‑M2/39‑1 (MQ=255)

                                      gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact            <  1:2170860‑M2/39‑1 (MQ=255)

                                       aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg           <  1:261301‑M2/40‑1 (MQ=255)

                                       aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg           >  1:1116090‑M2/11‑50 (MQ=255)

                                        aagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTgg          <  1:2512215‑M2/41‑1 (MQ=255)

                                        aagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTgg          <  1:3427178‑M2/41‑1 (MQ=255)

                                        aagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg           >  1:4452133‑M2/10‑49 (MQ=255)

                                         agtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGa         <  1:3677892‑M2/42‑1 (MQ=255)

                                          gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa        >  1:5593910‑M2/8‑50 (MQ=255)

                                          gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa        >  1:2124665‑M2/8‑50 (MQ=255)

                                          gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa        >  1:4236257‑M2/8‑50 (MQ=255)

                                           tgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc       >  1:560796‑M2/7‑50 (MQ=255)

                                            gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACt      >  1:5244154‑M2/6‑50 (MQ=255)

                                             ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACt      <  1:1636389‑M2/45‑1 (MQ=255)

                                             ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTg     >  1:2418138‑M2/5‑50 (MQ=255)

                                             ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTg     >  1:438928‑M2/5‑50 (MQ=255)

                                              taaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTg     >  1:3857675‑M2/4‑49 (MQ=255)

                                                aATAATAATCAATTGTTAGATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa  <  1:2394815‑M2/49‑1 (MQ=255)

                                                aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa  >  1:4632054‑M2/2‑50 (MQ=255)

GACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAA  >  NC_000913/1300649‑1300746

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 18 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`