| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,801,078 | (T)7→6 | coding (922/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 93.1% | 403.2 / 33.2 | 101 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/4); new base . (45/49); total (48/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117 | gCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt > 1:922504/1‑50 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:2656917/50‑1 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:797317/50‑1 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:5460182/1‑50 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:322673/1‑50 (MQ=255) ataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 1:2230155/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:4065161/50‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:1460190/50‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:1996719/48‑1 (MQ=255) aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:3321812/1‑49 (MQ=255) aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:2340858/1‑49 (MQ=255) 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(MQ=255) tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:1685918/50‑1 (MQ=255) tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:3070866/50‑1 (MQ=255) gatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:5169971/1‑50 (MQ=255) gatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:4017163/1‑50 (MQ=255) gatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:4042745/1‑50 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:116875/50‑1 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt > 1:667962/1‑50 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:61159/50‑1 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:4762379/50‑1 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:4385592/49‑1 (MQ=39) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:513015/50‑1 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:2516314/50‑1 (MQ=255) tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:2877460/1‑50 (MQ=255) tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:2140678/1‑50 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc < 1:1892653/50‑1 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:357614/49‑1 (MQ=39) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:3055468/1‑50 (MQ=255) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:2674588/1‑50 (MQ=255) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:316486/1‑50 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:5570369/1‑50 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:1126774/50‑1 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:1530130/50‑1 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:3786097/1‑50 (MQ=255) tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:918130/1‑50 (MQ=255) aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt > 1:1953111/1‑50 (MQ=255) 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GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |