| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,509,562 | Δ46,201 bp | [hicB]–maeA | 43 genes [hicB], ydcR, ydcS, ydcT, ydcU, ydcV, patD, yncL, ortT, ydcY, ydcZ, mnaT, curA, mcbR, yncD, yncE, ansP, yncG, yncH, rhsE, ydcD, yncO, yncI, ydcC, pptA, yddH, nhoA, yddE, narV, narW, narY, narZ, narU, yddJ, yddK, yddL, yddG, fdnG, fdnH, fdnI, yddM, adhP, maeA |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1509562 | 1555762 | 46201 | 106 [0] | [0] 105 | [hicB]–maeA | [hicB],ydcR,ydcS,ydcT,ydcU,ydcV,patD,yncL,ortT,ydcY,ydcZ,mnaT,curA,mcbR,yncD,yncE,ansP,yncG,yncH,rhsE,ydcD,yncO,yncI,ydcC,pptA,yddH,nhoA,yddE,narV,narW,narY,narZ,narU,yddJ,yddK,yddL,yddG,fdnG,fdnH,fdnI,yddM,adhP,maeA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1509561 | 0 (0.000) | 105 (1.440) | 60/98 | 0.0 | 100% | coding (54/417 nt) | hicB | antitoxin of the HicA‑HicB toxin‑antitoxin system |
| ? | NC_000913 | 1555763 = | 0 (0.000) | intergenic (‑94/+63) | maeA/sra | malate dehydrogenase, NAD‑requiring/30S ribosomal subunit protein S22 | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CGTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGA > NC_000913/1555714‑1555811 | ttatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta < 1:261731‑M2/1‑1 (MQ=255)ttatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta < 1:4153060‑M2/1‑1 (MQ=255) tatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta > 1:679222‑M2/49‑49 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa < 1:3050576‑M2/3‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa < 1:2094115‑M2/3‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa < 1:1230820‑M2/3‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc < 1:3247316‑M2/4‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc < 1:2414556‑M2/4‑1 (MQ=255) cccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc > 1:2744366‑M2/46‑49 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaa < 1:1825723‑M2/6‑1 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACa < 1:82835‑M2/5‑1 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACa < 1:175194‑M2/5‑1 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACa < 1:3006072‑M2/5‑1 (MQ=255) gtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaa < 1:130655‑M2/8‑1 (MQ=255) gtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaa < 1:3839921‑M2/8‑1 (MQ=255) gtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaa > 1:5459980‑M2/43‑49 (MQ=255) tcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaaa > 1:1529904‑M2/42‑50 (MQ=255) tcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaaa < 1:1813969‑M2/9‑1 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAaca < 1:2277386‑M2/11‑1 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAaca < 1:2984058‑M2/11‑1 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAaca > 1:2556285‑M2/40‑50 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAaca > 1:1194310‑M2/40‑50 (MQ=255) ctcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAacac < 1:3237669‑M2/12‑1 (MQ=255) 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1:668821‑M2/34‑50 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgc < 1:4481622‑M2/18‑1 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgc < 1:5442408‑M2/18‑1 (MQ=255) acccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg > 1:3440287‑M2/32‑50 (MQ=255) cccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcgc < 1:1496768‑M2/20‑1 (MQ=255) cccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg > 1:1895725‑M2/31‑49 (MQ=255) ccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg > 1:5058702‑M2/30‑48 (MQ=255) ccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg > 1:4343113‑M2/30‑48 (MQ=255) ccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCa < 1:1842014‑M2/21‑1 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg < 1:1258006‑M2/22‑1 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg < 1:1664127‑M2/22‑1 (MQ=255) cgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAgg > 1:5257604‑M2/27‑49 (MQ=255) gccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc > 1:2837376‑M2/26‑49 (MQ=255) gccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc > 1:3405557‑M2/26‑49 (MQ=255) cggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAAt > 1:384041‑M2/24‑50 (MQ=255) cggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAAt > 1:2466968‑M2/24‑50 (MQ=255) cggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAAt > 1:517590‑M2/24‑50 (MQ=255) cggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAAt > 1:1606634‑M2/24‑50 (MQ=255) cggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAAt > 1:5558861‑M2/24‑50 (MQ=255) cggaaggcgggtatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAAt > 1:5030819‑M2/24‑50 (MQ=255) ggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATg > 1:513766‑M2/23‑50 (MQ=255) aaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgt < 1:4549778‑M2/30‑1 (MQ=255) aaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgt > 1:3044808‑M2/21‑50 (MQ=255) aaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgt > 1:681086‑M2/21‑50 (MQ=255) aggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGgtg > 1:369763‑M2/20‑50 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |