| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,270,455 | 0 | G | T | 29.2% | 106.0 / 17.2 | 48 | noncoding (138/377 nt) | rnpB | RNase P catalytic RNA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/26); new base T (14/0); total (22/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCAC > NC_000913/3270406‑3270504 | cACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTg < 1:2031606/50‑1 (MQ=255) aCCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGc < 1:2974540/50‑1 (MQ=255) ccTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTtctc > 1:4321053/1‑50 (MQ=255) ccTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTtctc > 1:2861293/1‑50 (MQ=255) cTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTctct > 1:3613752/1‑50 (MQ=255) ttCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTttctct > 1:3662106/1‑50 (MQ=255) ttCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTctctct > 1:777375/1‑50 (MQ=255) cACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGt > 1:3620097/1‑50 (MQ=255) aCCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTTTCCGtt > 1:4567856/1‑50 (MQ=38) aCCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGtt > 1:2979690/1‑50 (MQ=255) aCCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGt < 1:16902/49‑1 (MQ=255) aCCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGt < 1:695753/49‑1 (MQ=255) cccTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGttt > 1:2996935/1‑49 (MQ=255) cccTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTg < 1:5541742/50‑1 (MQ=255) cccTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTg < 1:489825/50‑1 (MQ=255) cccTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTg < 1:4874907/50‑1 (MQ=255) ccTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGc > 1:342288/1‑50 (MQ=255) cTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCa < 1:4076426/50‑1 (MQ=255) ttACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGCAc > 1:1208117/1‑50 (MQ=255) tACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGGTTGTTCTCTTTTTCAcc > 1:888145/1‑49 (MQ=255) aCCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGCACTg > 1:1608551/1‑50 (MQ=255) aCCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCAc < 1:2957533/48‑1 (MQ=255) ccTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTg < 1:4119858/49‑1 (MQ=255) cTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGt < 1:5141133/50‑1 (MQ=255) tGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCCTTGTTGCACAGGtt > 1:3538183/1‑49 (MQ=37) aTCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTGCACTGGTCGt > 1:1270463/1‑50 (MQ=255) aTCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTc < 1:2532706/48‑1 (MQ=255) aTCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTc < 1:4864894/48‑1 (MQ=255) tCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTg < 1:472683/50‑1 (MQ=255) cccGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTTCACTGGGCGTgg > 1:83994/1‑50 (MQ=255) ccGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTggg < 1:614970/50‑1 (MQ=255) ccGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTggg < 1:5171667/50‑1 (MQ=255) ccGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTgg < 1:1643913/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTTCACCGGTCGTgggg > 1:953537/1‑49 (MQ=255) gcgcGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTc < 1:5452346/48‑1 (MQ=255) cgcgGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTccc < 1:428003/49‑1 (MQ=255) gcgGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTccccc < 1:5094745/50‑1 (MQ=255) cgGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTcccccc < 1:28624/50‑1 (MQ=255) cgGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTcccccc < 1:1443306/50‑1 (MQ=255) gggCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTccccccc < 1:4456570/50‑1 (MQ=255) gCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAg < 1:1572418/50‑1 (MQ=255) ccATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAgg < 1:3088418/50‑1 (MQ=255) cATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGc < 1:4977035/50‑1 (MQ=255) cATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGc < 1:3736245/50‑1 (MQ=255) ggcggTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTa > 1:2965811/1‑50 (MQ=255) ggcggTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTa > 1:4630805/1‑50 (MQ=255) cggTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTAcc > 1:5077383/1‑50 (MQ=255) ggTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCt > 1:4710341/1‑50 (MQ=255) ggTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCt > 1:4506136/1‑50 (MQ=255) tttGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTgg > 1:5220529/1‑50 (MQ=255) tttGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTgg > 1:3170137/1‑50 (MQ=255) gCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCAc > 1:2935857/1‑50 (MQ=255) | CACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCAC > NC_000913/3270406‑3270504 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |