| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,829,233 | 0 | C | A | 40.0% | 70.3 / 88.0 | 65 | L97M (CTG→ATG) | xanP | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/17); new base A (17/9); total (39/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGTGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTAT > NC_000913/3829184‑3829282 | tgtgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGc > 1:1069463/1‑50 (MQ=255) tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg > 1:402833/1‑50 (MQ=255) ggCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgt > 1:804180/1‑50 (MQ=255) gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgtt > 1:806546/1‑50 (MQ=255) gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgtt > 1:4931750/1‑50 (MQ=255) gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgtt > 1:3593989/1‑50 (MQ=255) gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgtt < 1:1644183/50‑1 (MQ=255) aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgttgt > 1:4454875/1‑50 (MQ=255) aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgttgt < 1:4024581/50‑1 (MQ=255) cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:3966603/1‑49 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTa > 1:1422768/1‑50 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:1097557/1‑50 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:2555917/1‑50 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:1794696/1‑50 (MQ=255) attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAt > 1:4948378/1‑50 (MQ=255) attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt > 1:4599760/1‑50 (MQ=255) attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt > 1:2813349/1‑50 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAtt > 1:2342747/1‑50 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAtt > 1:80524/1‑50 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAtt > 1:402163/1‑50 (MQ=255) tattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAtt > 1:2864567/1‑49 (MQ=255) tattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 1:2544225/1‑49 (MQ=255) attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAtt > 1:2121243/1‑48 (MQ=255) attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAtt > 1:2890358/1‑48 (MQ=255) attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTc < 1:691650/49‑1 (MQ=255) ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCa < 1:78424/49‑1 (MQ=255) aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAggg < 1:3067431/49‑1 (MQ=255) aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg > 1:1991762/1‑49 (MQ=255) aaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCa > 1:3790778/1‑50 (MQ=255) aTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCAc < 1:3127617/50‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:3606702/49‑1 (MQ=255) aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGc > 1:3316673/1‑50 (MQ=255) ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt < 1:2188057/50‑1 (MQ=255) gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt < 1:2454975/50‑1 (MQ=255) cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc > 1:2942110/1‑49 (MQ=255) cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc > 1:1290165/1‑49 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:2780751/1‑50 (MQ=255) ggggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc > 1:1885599/1‑50 (MQ=255) ggggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc > 1:406595/1‑50 (MQ=255) gggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt < 1:2638651/50‑1 (MQ=255) gggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt < 1:1723417/50‑1 (MQ=255) gggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt < 1:4085485/50‑1 (MQ=255) gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt > 1:3868756/1‑50 (MQ=255) tCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttg < 1:2928446/50‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt > 1:4736822/1‑50 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 1:5487333/49‑1 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 1:846785/50‑1 (MQ=255) gTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc < 1:4104753/50‑1 (MQ=255) gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc < 1:4924767/50‑1 (MQ=255) tGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc > 1:1113316/1‑50 (MQ=255) ggCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 1:4841810/1‑50 (MQ=255) ggCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 1:5204481/1‑50 (MQ=255) ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc < 1:1238963/49‑1 (MQ=255) gCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc < 1:2239919/49‑1 (MQ=255) gCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg < 1:3425375/50‑1 (MQ=255) cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc < 1:2453440/50‑1 (MQ=255) cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc > 1:2612109/1‑50 (MQ=255) cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc > 1:5396288/1‑50 (MQ=255) tCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt > 1:4561111/1‑50 (MQ=255) ccGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt > 1:4260599/1‑49 (MQ=255) cGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt < 1:73273/48‑1 (MQ=255) cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt < 1:5265563/48‑1 (MQ=255) cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt < 1:2436692/48‑1 (MQ=255) ggCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAtt < 1:1188224/50‑1 (MQ=255) ggCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAtt < 1:4585450/50‑1 (MQ=255) gCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTa > 1:2731482/1‑50 (MQ=255) cTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTAt > 1:5444465/1‑50 (MQ=255) cTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTAt > 1:4158415/1‑50 (MQ=255) | TGTGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTAT > NC_000913/3829184‑3829282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |