| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,406,141 | 0 | A | G | 46.4% | 19.3 / 131.2 | 84 | R167R (CGT→CGC) | lrhA | DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/15); new base G (28/11); total (58/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCATC > NC_000913/2406094‑2406189 | ttttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 1:4041710/1‑50 (MQ=255)ttttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACg > 1:1855914/1‑50 (MQ=255) tttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACg > 1:2554889/1‑49 (MQ=255) ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 1:3867028/1‑48 (MQ=255) tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCa < 1:5027234/49‑1 (MQ=255) tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCa < 1:4990819/49‑1 (MQ=255) tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCa < 1:2058553/49‑1 (MQ=255) tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAg > 1:648028/1‑50 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt > 1:4882769/1‑50 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt > 1:4182422/1‑50 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGt > 1:1236936/1‑50 (MQ=255) aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt > 1:1092029/1‑50 (MQ=255) aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGtt > 1:1172142/1‑50 (MQ=255) aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGtt > 1:1463606/1‑50 (MQ=255) atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc < 1:2282053/50‑1 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc > 1:658119/1‑49 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa < 1:1229499/50‑1 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCa < 1:2606608/50‑1 (MQ=255) atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCaa > 1:707368/1‑50 (MQ=255) tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAAt > 1:391516/1‑50 (MQ=255) tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAAt < 1:4332150/50‑1 (MQ=255) tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGc > 1:3625339/1‑50 (MQ=255) tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGc > 1:4317831/1‑50 (MQ=255) aTTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGcc > 1:813626/1‑50 (MQ=255) aTTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGcc > 1:4779357/1‑50 (MQ=255) ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt > 1:4739380/1‑50 (MQ=255) ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt < 1:5391559/49‑1 (MQ=255) ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCtt < 1:2605001/49‑1 (MQ=255) ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCtt > 1:2447977/1‑49 (MQ=255) ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCtt > 1:4923888/1‑49 (MQ=255) cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaa < 1:4680823/50‑1 (MQ=255) cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTa > 1:4600436/1‑49 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa > 1:2863535/1‑50 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTaaa < 1:2050179/50‑1 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTaaa > 1:3783272/1‑50 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTaaa > 1:3929596/1‑50 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTaaa < 1:3306301/50‑1 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc > 1:5308093/1‑50 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc < 1:1592192/50‑1 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc > 1:5051513/1‑50 (MQ=255) tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg > 1:839733/1‑50 (MQ=255) cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGc < 1:5564061/49‑1 (MQ=255) cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACg < 1:5079459/48‑1 (MQ=255) cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt < 1:2768121/50‑1 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 1:246681/1‑49 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 1:285959/1‑49 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 1:4904773/1‑49 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 1:4735994/1‑49 (MQ=255) aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg > 1:19673/1‑48 (MQ=255) aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg > 1:2422913/1‑48 (MQ=255) aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg > 1:519098/1‑48 (MQ=255) gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg < 1:2162691/50‑1 (MQ=255) tACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg > 1:1058253/1‑49 (MQ=255) tACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg > 1:3601632/1‑49 (MQ=255) tACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAgg < 1:4288207/50‑1 (MQ=255) ccAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa < 1:5067778/49‑1 (MQ=255) ccAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc > 1:4552221/1‑50 (MQ=255) cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc > 1:1385764/1‑49 (MQ=255) cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc > 1:5152020/1‑49 (MQ=255) aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa < 1:5331262/50‑1 (MQ=255) aGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa > 1:3121611/1‑50 (MQ=255) gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt > 1:4008543/1‑50 (MQ=255) tgtgtTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg > 1:564853/1‑50 (MQ=255) tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg > 1:4084466/1‑50 (MQ=255) gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt > 1:3037372/1‑50 (MQ=255) gtTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt > 1:3222874/1‑50 (MQ=255) ttGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg < 1:5560953/50‑1 (MQ=255) ttGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg > 1:5444996/1‑50 (MQ=255) tGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtgg > 1:3560305/1‑50 (MQ=255) ggCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtgg < 1:1156969/49‑1 (MQ=255) gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCATAAACGCTGAAGGACGATGggtggt > 1:4409397/1‑49 (MQ=255) gCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt > 1:5016169/1‑49 (MQ=255) gCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGtt < 1:2516445/50‑1 (MQ=255) cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa < 1:487931/50‑1 (MQ=255) cGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa > 1:3502222/1‑50 (MQ=255) gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 1:1776693/1‑50 (MQ=255) gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 1:407662/1‑50 (MQ=255) aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 1:3882462/1‑49 (MQ=255) gTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCAt > 1:1483885/1‑50 (MQ=255) gTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCAt < 1:4012776/50‑1 (MQ=255) gTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCAt > 1:2206407/1‑50 (MQ=255) gTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCAt > 1:1377854/1‑50 (MQ=255) tACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCAt > 1:1030743/1‑49 (MQ=255) tACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCATc < 1:38297/50‑1 (MQ=255) | TTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCATC > NC_000913/2406094‑2406189 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |