BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	NC_000913	4,354,915	G→A	intergenic (‑198/+39)	lysU ← / ← dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,354,915	0	G	A	100.0%	403.3 / NA	98	intergenic (‑198/+39)	lysU/dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (52/46); total (52/46)

Only 100 of 101 total aligned reads displayed.

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961

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aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                              <  1:4289036/50‑1 (MQ=255)

 aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                             <  1:925759/50‑1 (MQ=255)

  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                            <  1:1007572/50‑1 (MQ=255)

  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                            >  1:249053/1‑50 (MQ=255)

   ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           >  1:605888/1‑50 (MQ=255)

   ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           >  1:5015680/1‑50 (MQ=255)

    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          <  1:5538299/50‑1 (MQ=255)

    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          <  1:220318/50‑1 (MQ=255)

    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           <  1:2263472/49‑1 (MQ=255)

     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa                                         <  1:5108482/50‑1 (MQ=255)

     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa                                         <  1:2170692/50‑1 (MQ=255)

      ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        >  1:4277007/1‑50 (MQ=255)

      ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        >  1:3363945/1‑50 (MQ=255)

      ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        >  1:212451/1‑50 (MQ=255)

       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       >  1:2860712/1‑50 (MQ=255)

        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:482604/1‑50 (MQ=255)

        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:148212/1‑50 (MQ=255)

        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:539177/1‑50 (MQ=255)

        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:5467519/1‑50 (MQ=255)

        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       <  1:4029207/49‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:4522956/50‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:3913888/50‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:895632/50‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      <  1:979626/49‑1 (MQ=255)

         aaTAACTTATTAATCTCGAGTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:2244752/50‑1 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:2792368/1‑50 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:2975053/1‑50 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGGGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:3799571/1‑50 (MQ=255)

           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   >  1:441563/1‑50 (MQ=255)

           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   >  1:3221005/1‑50 (MQ=255)

           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:829738/50‑1 (MQ=255)

           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:4295808/50‑1 (MQ=255)

            gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:1605626/1‑50 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:5012364/50‑1 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:104482/50‑1 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:3999625/1‑50 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:1690256/50‑1 (MQ=255)

               ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:4215843/1‑49 (MQ=255)

               ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:2924293/1‑49 (MQ=255)

                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               <  1:3404200/48‑1 (MQ=255)

                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               <  1:5335527/48‑1 (MQ=255)

                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             >  1:5553546/1‑50 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             <  1:289210/49‑1 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             <  1:3805706/49‑1 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            <  1:42102/50‑1 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            <  1:5048774/50‑1 (MQ=255)

                   taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:2995865/1‑49 (MQ=255)

                   taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:4123645/1‑49 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           <  1:520449/49‑1 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           <  1:3346710/49‑1 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           <  1:1323374/49‑1 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:2785179/1‑49 (MQ=255)

                      tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        >  1:941778/1‑50 (MQ=255)

                      tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        >  1:3666944/1‑50 (MQ=255)

                      tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        >  1:3724342/1‑50 (MQ=255)

                         cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     >  1:3324505/1‑50 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    <  1:4318108/50‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:4036148/1‑50 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    <  1:3299331/50‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:2805509/1‑50 (MQ=255)

                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   >  1:2058946/1‑50 (MQ=255)

                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:3489984/1‑50 (MQ=255)

                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:262249/1‑50 (MQ=255)

                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:1079544/1‑50 (MQ=255)

                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                >  1:4420197/1‑50 (MQ=255)

                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                >  1:3849306/1‑50 (MQ=255)

                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                >  1:1705796/1‑50 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:4238116/49‑1 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:2968586/49‑1 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:4255754/49‑1 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               <  1:1834712/49‑1 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               <  1:139386/49‑1 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               <  1:1675814/49‑1 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg              <  1:3820943/50‑1 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc            <  1:4952251/49‑1 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  1:1861674/50‑1 (MQ=255)

                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          <  1:3053722/50‑1 (MQ=255)

                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          >  1:2494274/1‑50 (MQ=255)

                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          >  1:1619504/1‑50 (MQ=255)

                                     gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:2454042/1‑50 (MQ=255)

                                     gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:4526682/1‑50 (MQ=255)

                                     gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:2476267/1‑50 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        <  1:1044313/50‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         <  1:2762278/49‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:847248/1‑49 (MQ=255)

                                       tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  1:2433629/1‑49 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  1:1692185/1‑50 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  1:3531218/1‑50 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  1:5437233/1‑50 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa       <  1:1894503/49‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:3757778/50‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     >  1:2935244/1‑50 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     >  1:4936939/1‑50 (MQ=255)

                                          aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    >  1:1180256/1‑50 (MQ=255)

                                          aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    >  1:4776708/1‑50 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    <  1:1131237/49‑1 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   <  1:896704/50‑1 (MQ=255)

                                            aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  <  1:2801522/50‑1 (MQ=255)

                                            aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  >  1:2159655/1‑50 (MQ=255)

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 35 ≤` `ATCG/ATCG` `< 38 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`