| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 79 [0] | [0] 78 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 77 (1.360) | 49/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101348‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > NC_000913/2137718‑2137765 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 1:2066526/49‑1 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT > 1:1106203/1‑50 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT > 1:4345020/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT > 1:1395716/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT > 1:1328843/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC < 1:3232086/50‑1 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:706142/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:1606229/1‑50 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:51253/1‑49 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:3644491/1‑49 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:2411820/1‑49 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 1:3445360/50‑1 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC < 1:3902058/50‑1 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 1:12668/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 1:3670849/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 1:1926408/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 1:2504818/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:434788/49‑1 AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:1261854/1‑50 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 1:4299615/49‑1 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:673677/1‑50 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:2255858/1‑50 AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:943903/1‑49 AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:722622/1‑49 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA < 1:1524640/50‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:3413553/49‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:2672784/49‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:3844540/50‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:1614847/50‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:92722/50‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:1030082/1‑50 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:479232/1‑50 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:195804/50‑1 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:2518132/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:4230003/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:2314773/1‑50 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT > 1:4240943/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC > 1:531844/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT < 1:1180539/48‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT < 1:1462758/48‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT < 1:2645011/50‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC < 1:3506962/49‑1 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:1125811/1‑49 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA < 1:3750836/50‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA < 1:4206692/50‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA < 1:1746661/50‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA < 1:2180809/50‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT < 1:2188938/49‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA < 1:4283488/50‑1 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:370085/1‑50 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATA < 1:1553310/50‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:3814953/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:3486242/1‑49 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT > 1:2029980/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:3691750/48‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:443862/48‑1 ATATGCTTACGGCTGTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:1310177/48‑1 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:3737304/1‑50 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:214052/50‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:2454543/50‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 1:3692590/1‑50 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 1:1461552/1‑49 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA < 1:1603049/50‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA > 1:4066583/1‑50 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT < 1:3929538/49‑1 TACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT > 1:3310002/1‑49 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATT < 1:2195553/49‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:759517/48‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT < 1:4339071/50‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT < 1:1430539/50‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT < 1:1189940/50‑1 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA < 1:3345305/50‑1 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACC < 1:1263631/48‑1 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT > 1:4317310/1‑50 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC < 1:2870922/49‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT < 1:3398470/50‑1 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:291301/1‑50 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:4235189/1‑50 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT < 1:2449664/49‑1 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101348‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > NC_000913/2137718‑2137765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |