| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,990,212 | 0 | G | A | 58.9% | 43.0 / 102.7 | 73 | S50L (TCA→TTA) | yqeK | protein YqeK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/17); new base A (13/30); total (26/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.57e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TACTCTTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCATTAA > NC_000913/2990165‑2990260 | tACTCTTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTg < 1:2756728/48‑1 (MQ=255)tACTCTTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTaaa > 1:2338644/1‑50 (MQ=255) aCTCTTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTaaa < 1:1331772/49‑1 (MQ=255) ctctTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAAtt > 1:1076206/1‑50 (MQ=255) ctctTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAAtt < 1:840368/50‑1 (MQ=255) ctctTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAAtt < 1:1459814/50‑1 (MQ=255) ctctTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAAtt < 1:3234432/50‑1 (MQ=255) ctctTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAAt < 1:1083430/49‑1 (MQ=255) ctctTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAAt < 1:3557476/49‑1 (MQ=255) ctctTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAAt < 1:256763/49‑1 (MQ=255) ctTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAAttt > 1:463334/1‑49 (MQ=255) tttACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAAttt < 1:2489711/48‑1 (MQ=255) tACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTaa < 1:2658084/48‑1 (MQ=255) tACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTa < 1:1636044/47‑1 (MQ=255) tACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAAt < 1:590484/49‑1 (MQ=255) tACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTaa < 1:148294/48‑1 (MQ=255) aCGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGt > 1:2187649/1‑50 (MQ=255) aCGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATg < 1:2314046/49‑1 (MQ=255) cGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTc > 1:2636351/1‑50 (MQ=255) cGTTGACTGTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGt < 1:3407649/49‑1 (MQ=39) gTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTcc < 1:3262607/50‑1 (MQ=255) gTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTcc < 1:2419209/50‑1 (MQ=255) gTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTcc < 1:1876597/50‑1 (MQ=255) gTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTcc < 1:3367847/50‑1 (MQ=255) gTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTcc < 1:1712575/50‑1 (MQ=255) ttGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCa > 1:1591242/1‑50 (MQ=255) ttGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCa < 1:1390676/50‑1 (MQ=255) tGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCat > 1:306753/1‑50 (MQ=255) gACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCat < 1:3497532/49‑1 (MQ=255) gACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCat < 1:2122781/49‑1 (MQ=255) aCTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCatg < 1:1694385/49‑1 (MQ=255) aCTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCatga < 1:3297613/50‑1 (MQ=255) aCTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCatg < 1:449271/49‑1 (MQ=255) aCTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCatg < 1:4082406/49‑1 (MQ=255) gACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGttt > 1:2637438/1‑50 (MQ=255) aCAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGttt < 1:2254448/49‑1 (MQ=255) aCAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGttt < 1:3063071/49‑1 (MQ=255) aCAGAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGttt < 1:1152658/49‑1 (MQ=255) cAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGc > 1:2466012/1‑50 (MQ=255) cAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGc > 1:2627721/1‑50 (MQ=255) aGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCg < 1:854025/50‑1 (MQ=255) gAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGt > 1:4317938/1‑50 (MQ=255) gAATTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGt > 1:1521004/1‑50 (MQ=255) aaTTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTg < 1:2144909/50‑1 (MQ=255) aaTTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTg < 1:982515/50‑1 (MQ=255) aTTAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTga < 1:646180/50‑1 (MQ=255) ttAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGt > 1:1244643/1‑47 (MQ=255) tAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTgag > 1:1807049/1‑49 (MQ=255) tAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTgag > 1:253702/1‑49 (MQ=255) tAACATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTgag > 1:2020755/1‑49 (MQ=255) aaCATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTgaga < 1:3435686/49‑1 (MQ=255) aaCATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGaa > 1:2006837/1‑50 (MQ=255) aaCATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTgaga < 1:1472736/49‑1 (MQ=255) aaCATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTgaga < 1:1717858/49‑1 (MQ=255) aaCATTCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGaa > 1:2833066/1‑50 (MQ=255) aCATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGaa < 1:1867871/49‑1 (MQ=255) cATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACa < 1:2732901/50‑1 (MQ=255) aTTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACAt < 1:2963250/50‑1 (MQ=255) aTTCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACAt < 1:655224/50‑1 (MQ=255) ttCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACAtt > 1:937206/1‑50 (MQ=255) ttCACATATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACAtt < 1:1646499/50‑1 (MQ=255) cacaTATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATtct > 1:3072278/1‑50 (MQ=255) acaTATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATtct > 1:3153863/1‑49 (MQ=255) acaTATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATtctc < 1:2676247/50‑1 (MQ=255) caTATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCa < 1:2184006/50‑1 (MQ=255) caTATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCa < 1:2979413/50‑1 (MQ=255) caTATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCa < 1:3635638/50‑1 (MQ=255) caTATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATtct > 1:4020781/1‑48 (MQ=255) caTATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATtct > 1:3760922/1‑48 (MQ=255) caTATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCa < 1:611381/50‑1 (MQ=255) caTATCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCa < 1:1037857/50‑1 (MQ=255) atatCTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAg < 1:224713/50‑1 (MQ=255) atCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCa > 1:489649/1‑50 (MQ=255) tCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCAt > 1:3778721/1‑50 (MQ=255) cTTAAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCAt > 1:1806224/1‑49 (MQ=255) ttGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCAtt > 1:3437689/1‑49 (MQ=255) gAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCAtt < 1:1668469/47‑1 (MQ=255) gAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCATTaa < 1:3077334/49‑1 (MQ=255) gAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCATTa < 1:2453975/48‑1 (MQ=255) | TACTCTTTACGTTGACTTTATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCATTAA > NC_000913/2990165‑2990260 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |