Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,829,233 | 0 | C | A | 38.9% | 49.4 / 40.5 | 36 | L97M (CTG→ATG) | xanP | xanthine:H(+) symporter XanP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/13); new base A (3/11); total (12/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGTGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTAT > NC_000913/3829184‑3829282 | tgtgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGc > 1:1202043/1‑50 (MQ=255) tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtg > 1:1720232/1‑50 (MQ=255) tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCt < 1:2216938/49‑1 (MQ=255) tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg < 1:4286107/50‑1 (MQ=255) gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgtt > 1:721222/1‑50 (MQ=255) cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgttg > 1:3290225/1‑50 (MQ=255) tCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTc > 1:4230577/1‑50 (MQ=255) cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:3358206/1‑49 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCt < 1:3819876/49‑1 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCt < 1:3009054/49‑1 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:4155908/1‑50 (MQ=255) tattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAtt > 1:3288897/1‑49 (MQ=255) ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAg < 1:2782964/50‑1 (MQ=255) tCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAgg > 1:424811/1‑50 (MQ=255) cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 1:3055077/49‑1 (MQ=255) aaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCa < 1:37481/50‑1 (MQ=255) ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 1:2941240/50‑1 (MQ=255) ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 1:1609606/50‑1 (MQ=255) aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg < 1:3414835/49‑1 (MQ=255) ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt < 1:4181461/50‑1 (MQ=255) gggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGATTCAAc < 1:1671816/49‑1 (MQ=255) ggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACtt < 1:407977/50‑1 (MQ=255) gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 1:2462307/50‑1 (MQ=255) tCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttg < 1:769267/50‑1 (MQ=255) ccGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt > 1:3015426/1‑50 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 1:2284781/49‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 1:712918/49‑1 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 1:1823252/50‑1 (MQ=255) gTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc < 1:881780/50‑1 (MQ=255) gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc < 1:1033791/50‑1 (MQ=255) ttGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc < 1:1708601/50‑1 (MQ=255) ggCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 1:1658327/1‑50 (MQ=255) cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc < 1:1258688/50‑1 (MQ=255) ccGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt > 1:1826391/1‑49 (MQ=255) cGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 1:1751963/1‑50 (MQ=255) gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt < 1:617600/50‑1 (MQ=255) gCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTa < 1:3535549/50‑1 (MQ=255) cTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTAt < 1:2230935/50‑1 (MQ=255) | TGTGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTAT > NC_000913/3829184‑3829282 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |