| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,801,078 | (T)7→6 | coding (922/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 91.9% | 620.2 / 64.2 | 160 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/9); new base . (97/50); total (101/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117 | cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:3059930/49‑1 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:2831711/49‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:4479917/50‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:4849247/50‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:1777228/50‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:4319466/48‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:3851168/48‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:2167288/48‑1 (MQ=255) aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:941152/1‑49 (MQ=255) aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:1552271/1‑49 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:1055093/50‑2 (MQ=255) 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atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:438669/50‑1 (MQ=255) atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:1702665/50‑1 (MQ=255) tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa > 1:6018304/1‑50 (MQ=255) tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa > 1:4832570/1‑50 (MQ=255) tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa < 1:5979997/50‑1 (MQ=255) tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa > 1:2069124/1‑50 (MQ=255) ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:805922/1‑50 (MQ=255) ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:3022983/1‑50 (MQ=255) ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:5393760/1‑50 (MQ=255) ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:2240026/1‑50 (MQ=255) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:5497010/49‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 1:1028514/1‑50 (MQ=255) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 1:38265/1‑50 (MQ=255) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 1:5967369/1‑50 (MQ=255) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 1:233851/1‑50 (MQ=255) tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:3142306/1‑50 (MQ=255) tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:924824/50‑1 (MQ=255) tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:3275310/1‑50 (MQ=255) gatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:899407/1‑50 (MQ=255) gatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:1929432/1‑50 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt > 1:4286200/1‑50 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:950906/49‑1 (MQ=39) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:2369563/49‑1 (MQ=39) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:1401215/1‑49 (MQ=39) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGc < 1:2715572/50‑1 (MQ=255) tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 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1:1821202/1‑49 (MQ=39) ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa > 1:5153894/1‑50 (MQ=255) ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa > 1:2028845/1‑50 (MQ=255) ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa > 1:1841802/1‑50 (MQ=255) ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa > 1:5005989/1‑50 (MQ=255) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa < 1:1496278/49‑1 (MQ=39) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa < 1:3873228/49‑1 (MQ=39) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:4247476/1‑50 (MQ=255) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:724275/1‑50 (MQ=255) atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt < 1:5935957/49‑1 (MQ=39) atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:839365/1‑50 (MQ=255) atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:5819217/1‑50 (MQ=255) | CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |