| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 687,860 | Δ1,185 bp | IS5‑mediated | insH‑3 | insH‑3 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 687860 | 689044 | 1185 | 83 [0] | [0] 90 | insH‑3 | insH‑3 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 687859 | 0 (0.000) | 79 (1.020) | 50/96 | 0.0 | 100% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 689045 = | 0 (0.000) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC < 1:3175958/50‑1 TATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCC > 1:146384/1‑50 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTT < 1:2610540/50‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTT < 1:2410648/50‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT < 1:5677030/49‑1 CGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:870793/1‑48 CGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:4261773/1‑48 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG > 1:689857/1‑50 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG > 1:3895474/1‑50 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG > 1:5173121/1‑50 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTA < 1:231116/49‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG < 1:141188/50‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG < 1:2546378/50‑1 CTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG > 1:4768910/1‑49 CAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAA < 1:1841610/49‑1 CAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTA < 1:3221140/48‑1 CAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTA < 1:1679931/48‑1 CAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGT < 1:5605671/47‑1 AACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACA > 1:383059/1‑50 AACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACA < 1:4606875/50‑1 CTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATT > 1:1314296/1‑50 TATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAG > 1:5570443/1‑50 TATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAG > 1:5121104/1‑50 TATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTA < 1:3432735/49‑1 TATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTA < 1:1621475/49‑1 TATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTT < 1:2559120/48‑1 TATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTT < 1:542904/48‑1 ATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGT > 1:2258539/1‑50 ATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGT > 1:4080143/1‑50 ATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGT > 1:584880/1‑50 ATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAG < 1:5599912/49‑1 TTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTT < 1:3015512/50‑1 TTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTT > 1:3234927/1‑50 TTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGT < 1:5116259/49‑1 TTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGT < 1:370707/49‑1 TGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTT > 1:1460572/1‑50 GTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTT < 1:1020590/49‑1 GTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTT < 1:932202/49‑1 TGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGG < 1:1128427/50‑1 TGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGG < 1:2884519/50‑1 CAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCT < 1:3525448/50‑1 CAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGC < 1:4985861/49‑1 CAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGC > 1:4933875/1‑49 CAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGC > 1:3926818/1‑49 GTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTA > 1:893124/1‑49 GTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTA > 1:5821637/1‑49 TTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAT < 1:4323128/49‑1 TGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATG > 1:4323330/1‑49 TGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATG > 1:5490047/1‑49 TGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATG > 1:2469226/1‑49 GTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGT < 1:813465/49‑1 aGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA < 1:5934717/48‑1 TGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAA < 1:1315803/50‑1 TGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAA < 1:5189760/50‑1 TGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA < 1:4094072/49‑1 GCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:1570091/1‑48 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAG < 1:1312824/50‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAA < 1:1451421/49‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:3630472/1‑47 CTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:4978368/1‑46 TGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA > 1:3574574/1‑49 TGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA > 1:5701210/1‑49 TGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA > 1:3334302/1‑49 GTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA > 1:338923/1‑50 GTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA > 1:394477/1‑50 GTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA > 1:4384011/1‑50 GTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA > 1:1346430/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT > 1:5057270/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT > 1:2927839/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA < 1:5686241/49‑1 TAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATT > 1:466384/1‑50 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG < 1:2577447/49‑1 GGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCT < 1:580359/50‑1 GGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT > 1:3429911/1‑50 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTT < 1:1227764/50‑1 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA > 1:2689377/1‑50 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA > 1:4020134/1‑50 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA > 1:607124/1‑50 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA > 1:4939651/1‑50 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA < 1:248241/50‑1 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAGGATATTGCTGTTTTAT < 1:1459371/49‑1 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT < 1:2238411/50‑1 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT < 1:3274771/49‑1 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |