Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
MC JC NC_000913 2,101,397 Δ36,321 bp [wbbL]–wza 34 genes

Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ NC_000913 2101397 2137717 36321 142 [0] [0] 139 [wbbL]–wza [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_000913 = 21013960 (0.000)132 (1.700) 73/96 0.0 100% pseudogene (349/349 nt) wbbL interrupted rhamnosyltransferase WbbL
?NC_000913 2137718 = 0 (0.000)intergenic (‑475/‑184) wza/yegH outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH

Only 100 of 142 total aligned reads displayed.

TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  NC_000913/2101347‑2101396
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT  >  NC_000913/2137718‑2137766
                                                                                                   
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT                                                   >  1:1717438/1‑50
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT                                                   >  1:5392148/1‑50
 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG                                                  >  1:1333926/1‑50
 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT                                                   <  1:831984/49‑1
 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT                                                   <  1:5614735/49‑1
  TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT                                                 >  1:2116549/1‑50
  TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT                                                 >  1:4709652/1‑50
  TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT                                                 >  1:2601330/1‑50
  TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG                                                  <  1:4798774/49‑1
   TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC                                                >  1:2184815/1‑50
    AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT                                               >  1:2016029/1‑50
    AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC                                                <  1:5516584/49‑1
    AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC                                                <  1:5126471/49‑1
     AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC                                              >  1:5439731/1‑50
     AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC                                              >  1:635723/1‑50
       GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                            <  1:3361977/50‑1
       GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                            <  1:4040692/50‑1
       GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                            >  1:1520243/1‑50
       GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                            >  1:771335/1‑50
        TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC                                           <  1:1741040/50‑1
        TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                            >  1:2761370/1‑49
        TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                            >  1:1020513/1‑49
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT                                         <  1:2750101/50‑1
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT                                         <  1:3161341/50‑1
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT                                         <  1:3301626/50‑1
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT                                         >  1:1028939/1‑50
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT                                         >  1:1083514/1‑50
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT                                         <  1:1934532/50‑1
           AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG                                        >  1:68486/1‑50
           AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG                                        >  1:5236378/1‑50
            AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC                                       <  1:2021093/50‑1
            AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG                                        <  1:4424053/49‑1
             ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC                                       >  1:3357663/1‑49
               AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                     >  1:139852/1‑49
                GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA                                   >  1:2555954/1‑50
                GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT                                    <  1:5325113/49‑1
                 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT                                  >  1:3497548/1‑50
                 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCCCCACATGCGATAT                                  <  1:3482383/50‑1
                  TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT                                 >  1:5501742/1‑50
                  TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT                                 >  1:5119201/1‑50
                  TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT                                 >  1:4715112/1‑50
                  TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT                                 >  1:224212/1‑50
                   TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                >  1:4070272/1‑50
                   TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                >  1:5735523/1‑50
                   TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                >  1:4613710/1‑50
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                <  1:124754/49‑1
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                <  1:2464378/49‑1
                     TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT                              <  1:4298923/50‑1
                     TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT                              >  1:5450737/1‑50
                     TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT                              >  1:5807379/1‑50
                     TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                               <  1:1630569/49‑1
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                             >  1:3170596/1‑49
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                             >  1:5675464/1‑49
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                             <  1:1524718/49‑1
                        ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA                           <  1:3800970/50‑1
                        ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA                           <  1:4076081/50‑1
                        ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA                            >  1:3036564/1‑49
                         TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA                          >  1:5065867/1‑50
                          GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA                          >  1:4162514/1‑49
                            TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA                       >  1:4174723/1‑50
                            TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA                       >  1:5723392/1‑50
                             TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT                      >  1:5778669/1‑50
                             TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT                      >  1:309190/1‑50
                              ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT                      <  1:3943992/49‑1
                              ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT                      <  1:3374655/49‑1
                              ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA                       <  1:2290084/48‑1
                               TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT                    >  1:2691782/1‑50
                               TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG                     <  1:2106096/49‑1
                                ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT                   >  1:479148/1‑50
                                ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT                   >  1:791384/1‑50
                                 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT                  <  1:4699091/50‑1
                                 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT                   <  1:1221472/49‑1
                                  GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT                  >  1:2990362/1‑49
                                  GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT                  >  1:1301500/1‑49
                                   CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA                >  1:4469486/1‑50
                                   CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA                <  1:3689097/50‑1
                                    TTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT               >  1:599440/1‑50
                                      ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATT              <  1:5645799/49‑1
                                       CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT            <  1:599968/50‑1
                                       CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT            <  1:189443/50‑1
                                       CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT            <  1:1987916/50‑1
                                       CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT            >  1:5570765/1‑50
                                        GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT            >  1:2259111/1‑49
                                         GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA          <  1:5381897/50‑1
                                         GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA          >  1:5059191/1‑50
                                          CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC         <  1:2625494/50‑1
                                           TTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC         >  1:1973824/1‑49
                                           TTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC         >  1:1817257/1‑49
                                            TTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA       >  1:4477530/1‑50
                                              ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT     >  1:5094434/1‑50
                                              ATATGTCTCCACACGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT     >  1:1775195/1‑50
                                               TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT    <  1:848175/50‑1
                                               TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT    <  1:116898/50‑1
                                               TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT    <  1:632295/50‑1
                                               TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT    <  1:5619024/50‑1
                                                 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT  <  1:3270516/50‑1
                                                 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT  <  1:363420/50‑1
                                                 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT   >  1:5652243/1‑49
                                                 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT   <  1:2420748/49‑1
                                                 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT   >  1:5157590/1‑49
                                                                                                   
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  NC_000913/2101347‑2101396
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT  >  NC_000913/2137718‑2137766

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.