| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,406,141 | A→G | R167R (CGT→CGC) | lrhA ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,406,141 | 0 | A | G | 98.6% | 292.3 / ‑4.1 | 73 | R167R (CGT→CGC) | lrhA | DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (52/20); total (52/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
TTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA > NC_000913/2406094‑2406187 | ttttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 1:385697/1‑50 (MQ=255) ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 1:2962961/1‑48 (MQ=255) ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 1:1448503/1‑48 (MQ=255) ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 1:5034388/1‑48 (MQ=255) tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg > 1:5458957/1‑50 (MQ=255) gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg > 1:1617717/1‑50 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg < 1:528956/49‑1 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt > 1:1132762/1‑50 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt > 1:4124650/1‑50 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt > 1:216397/1‑50 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt > 1:4264985/1‑50 (MQ=255) aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt > 1:294698/1‑50 (MQ=255) aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt > 1:4259456/1‑50 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc > 1:4937855/1‑49 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc > 1:575962/1‑49 (MQ=255) atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa > 1:5472096/1‑50 (MQ=255) tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa < 1:5159197/49‑1 (MQ=255) gTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg > 1:5890454/1‑50 (MQ=255) tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg < 1:4540869/49‑1 (MQ=255) tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg < 1:1745079/49‑1 (MQ=255) tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg < 1:5858119/49‑1 (MQ=255) tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg < 1:3067055/49‑1 (MQ=255) tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGc < 1:1339001/50‑1 (MQ=255) aTTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGcc > 1:348966/1‑50 (MQ=255) aTTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGcc > 1:5765707/1‑50 (MQ=255) ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCt < 1:4104880/50‑1 (MQ=255) ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt > 1:2473343/1‑49 (MQ=255) cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa > 1:1430275/1‑49 (MQ=255) cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa < 1:1718455/49‑1 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa > 1:4738795/1‑50 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa > 1:5798375/1‑50 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa > 1:3509704/1‑50 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc > 1:2790565/1‑50 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc > 1:1107142/1‑50 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc > 1:1325522/1‑50 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc > 1:137105/1‑50 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc > 1:5447446/1‑50 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc < 1:4351179/50‑1 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc > 1:4012252/1‑50 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc < 1:831855/50‑1 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc > 1:3138993/1‑50 (MQ=255) tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg > 1:2137651/1‑50 (MQ=255) tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg > 1:3072308/1‑50 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 1:3682845/1‑49 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg < 1:4745571/50‑1 (MQ=255) cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg > 1:5622354/1‑49 (MQ=255) cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg > 1:5244274/1‑49 (MQ=255) cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGa < 1:2375817/50‑1 (MQ=255) aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg > 1:2218869/1‑48 (MQ=255) aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa < 1:3182413/50‑1 (MQ=255) gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg < 1:3928415/50‑1 (MQ=255) gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg < 1:503277/50‑1 (MQ=255) gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg > 1:4115241/1‑50 (MQ=255) tACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg > 1:1596774/1‑49 (MQ=255) aCCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa > 1:2671650/1‑50 (MQ=255) ccAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa < 1:4749079/49‑1 (MQ=255) aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa < 1:5184872/50‑1 (MQ=255) aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa > 1:2017859/1‑50 (MQ=255) gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt > 1:1456385/1‑50 (MQ=255) gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt < 1:2552264/50‑1 (MQ=255) tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg > 1:2551667/1‑50 (MQ=255) tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg > 1:3339833/1‑50 (MQ=255) tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg > 1:859996/1‑50 (MQ=255) gtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgg > 1:3124105/1‑50 (MQ=255) tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg > 1:126096/1‑50 (MQ=255) gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt > 1:1111934/1‑50 (MQ=255) ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg < 1:788747/50‑1 (MQ=255) ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg > 1:366678/1‑50 (MQ=255) tGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtgg > 1:3744230/1‑50 (MQ=255) gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 1:2865643/1‑50 (MQ=255) aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 1:4462553/1‑49 (MQ=255) ggTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCa < 1:3682677/50‑1 (MQ=255) ggTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCa > 1:840450/1‑50 (MQ=255) | TTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA > NC_000913/2406094‑2406187 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |