| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | insH21 | insH21 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499 | 1300697 | 1199 | 51 [0] | [0] 51 | insH21 | insH21 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 47 (1.000) | 36/90 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1299446‑1299498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA > NC_000913/1300698‑1300745 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC > 1:2041599/1‑50 AATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCT > 1:2187337/1‑49 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA > 1:2688507/1‑49 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:2228266/49‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:2818986/1‑50 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT > 1:1519930/1‑49 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT < 1:3493043/49‑1 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATA < 1:2360246/49‑1 AATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAAT < 1:2440364/50‑1 ATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATA < 1:2818162/50‑1 TGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAA > 1:3354396/1‑50 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:513640/50‑1 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCA < 1:2859269/50‑1 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC > 1:741851/1‑49 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA > 1:3598006/1‑50 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA > 1:3729204/1‑50 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA < 1:2504640/49‑1 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT > 1:2218917/1‑50 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT > 1:811274/1‑50 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT > 1:2655308/1‑50 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT < 1:2089825/49‑1 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT < 1:1646166/49‑1 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT < 1:1386155/49‑1 TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT > 1:1789701/1‑50 TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT < 1:587497/50‑1 TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTG < 1:2363652/49‑1 TAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT > 1:1207888/1‑49 AATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTT < 1:2362001/49‑1 CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:3246512/1‑49 CACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATT < 1:2077176/49‑1 ACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTAT < 1:2010592/50‑1 ACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTAT < 1:1195271/50‑1 CTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATT > 1:806455/1‑50 CTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATT > 1:2997342/1‑50 TGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTG > 1:2015755/1‑50 TTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCA > 1:9062/1‑50 TGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATT > 1:3012653/1‑50 TAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA < 1:3216322/50‑1 TAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA < 1:2910813/50‑1 TAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA > 1:1778256/1‑50 TAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA < 1:167245/50‑1 GAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC < 1:1255003/49‑1 GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTAC > 1:74506/1‑50 GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTAC > 1:1387656/1‑50 GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTAC > 1:3675847/1‑50 AAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG > 1:3657614/1‑50 AAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGG < 1:3176767/50‑1 AAGAGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG > 1:1727587/1‑49 GTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAA > 1:2808826/1‑50 TGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAC < 1:3385883/50‑1 GCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACT > 1:1564819/1‑50 CTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTG > 1:152901/1‑50 CTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTG > 1:1724295/1‑50 AAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGT > 1:1924614/1‑49 AATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA < 1:3602874/49‑1 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1299446‑1299498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA > NC_000913/1300698‑1300745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |