Predicted mutation
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RA	NC_000913	2,406,141	A→G	R167R (CGT→CGC)	lrhA ←	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA

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*	NC_000913	2,406,141	0	A	G	100.0%	215.9 / NA	55	R167R (CGT→CGC)	lrhA	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (33/22);  total (33/22)

TTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA  >  NC_000913/2406095‑2406187                                               |                                               tttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                              >  1:158364/1‑49 (MQ=255)  ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGAGTTGGCGAGGTGCg                                              >  1:1957365/1‑48 (MQ=255)   tGCAATATGTATTCCGCTGCTCAGTACCAGTTTGTTGTCGCGGTGCGCa                                            <  1:13982/49‑1 (MQ=25)     cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg                                          <  1:1012857/49‑1 (MQ=255)     cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt                                         <  1:3265316/50‑1 (MQ=255)     cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt                                         <  1:3357722/50‑1 (MQ=255)      aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        <  1:888903/50‑1 (MQ=255)      aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        <  1:2775399/50‑1 (MQ=255)       atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        >  1:2417019/1‑49 (MQ=255)        tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc                                       >  1:2256463/1‑49 (MQ=255)        tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa                                      <  1:2474624/50‑1 (MQ=255)            tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGc                                  <  1:753589/50‑1 (MQ=255)             aTTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGcc                                 >  1:3600357/1‑50 (MQ=255)             aTTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGcc                                 >  1:3748721/1‑50 (MQ=255)              ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                >  1:3795200/1‑50 (MQ=255)              ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                >  1:551269/1‑50 (MQ=255)               tCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                >  1:2030144/1‑49 (MQ=255)                ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt                               >  1:3035621/1‑49 (MQ=255)                ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt                               >  1:3897918/1‑49 (MQ=255)                 cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaa                             <  1:1185333/50‑1 (MQ=255)                 cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa                              >  1:564475/1‑49 (MQ=255)                  gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                            >  1:1700768/1‑50 (MQ=255)                  gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                            <  1:3171249/50‑1 (MQ=255)                  gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                            <  1:713189/50‑1 (MQ=255)                   cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                           <  1:1370781/50‑1 (MQ=255)                    tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg                          >  1:3576349/1‑50 (MQ=255)                     gcgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGc                         >  1:3717513/1‑50 (MQ=255)                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg                          <  1:1201976/48‑1 (MQ=255)                       gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        >  1:3103984/1‑49 (MQ=255)                        cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       >  1:595685/1‑49 (MQ=255)                        cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       >  1:3299366/1‑49 (MQ=255)                        cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       >  1:1666805/1‑49 (MQ=255)                         aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       >  1:1419882/1‑48 (MQ=255)                         aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa                     <  1:3445427/50‑1 (MQ=255)                          gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                    >  1:2123820/1‑50 (MQ=255)                             ccAGTGTGTTGGCGAGTTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc                 <  1:2230118/50‑1 (MQ=255)                              cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc                 >  1:1809698/1‑49 (MQ=255)                              cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACg                <  1:3921414/50‑1 (MQ=255)                               aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa               <  1:3318338/50‑1 (MQ=255)                               aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa               >  1:3352489/1‑50 (MQ=255)                               aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa               >  1:3365145/1‑50 (MQ=255)                                gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt              <  1:966789/50‑1 (MQ=255)                                gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt              >  1:1853599/1‑50 (MQ=255)                                 tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg             <  1:3740172/50‑1 (MQ=255)                                 tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg             >  1:3092418/1‑50 (MQ=255)                                  gtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGGTGAAGGACGATgg            >  1:2696455/1‑50 (MQ=255)                                    gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt          >  1:288009/1‑50 (MQ=255)                                     ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg         >  1:1696044/1‑50 (MQ=255)                                     ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt          <  1:1554861/49‑1 (MQ=255)                                     ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt          <  1:3106943/49‑1 (MQ=255)                                        gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt       <  1:1256321/49‑1 (MQ=255)                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  1:3668998/1‑50 (MQ=255)                                           aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  1:1755291/1‑49 (MQ=255)                                           aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  1:2331201/1‑49 (MQ=255)                                            ggTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCa  >  1:2101566/1‑50 (MQ=255)                                               |                                               TTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA  >  NC_000913/2406095‑2406187

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑