| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 603,467 | Δ5,885 bp | [ybdG]–insL‑2 | [ybdG], nfsB, ybdF, ybdJ, ybdK, sokE, hokE, insL‑2 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 603467 | 609351 | 5885 | 62 [0] | [0] 63 | [ybdG]–insL‑2 | [ybdG],nfsB,ybdF,ybdJ,ybdK,sokE,hokE,insL‑2 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 603466 | 0 (0.000) | 60 (1.080) | 44/94 | 0.0 | 100% | coding (1198/1248 nt) | ybdG | miniconductance mechanosensitive channel YbdG |
| ? | NC_000913 | 609352 = | 0 (0.000) | intergenic (+175/+107) | insL‑2/entD | IS186/IS421 transposase/phosphopantetheinyl transferase EntD | |||||
TTACTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/603416‑603466‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCT > NC_000913/609352‑609400 TTACTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCG < 1:2062552/50‑1 CTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGT < 1:2134076/50‑1 CTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAG > 1:2809548/1‑49 TGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGT > 1:3433113/1‑49 CTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAA < 1:2681568/49‑1 CTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAA < 1:123102/49‑1 TTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATC > 1:1274942/1‑50 TTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATC > 1:3954727/1‑50 TTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATC > 1:289897/1‑50 AAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCC > 1:4376921/1‑50 AAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATC < 1:1797695/48‑1 AATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCC < 1:1416957/50‑1 ATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCG < 1:955102/50‑1 ATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCG > 1:4158833/1‑50 ATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCG > 1:4255696/1‑50 TGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGC < 1:467164/50‑1 CACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCAT < 1:3582927/50‑1 CACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCA > 1:3823147/1‑49 ACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATA > 1:363980/1‑50 ACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATA < 1:3244920/50‑1 ACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATA < 1:931647/50‑1 ACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATA < 1:958127/50‑1 ACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATA < 1:1101086/50‑1 CCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATAT > 1:707856/1‑50 CGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCC > 1:1674893/1‑50 GCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCG < 1:1344884/50‑1 CAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGT > 1:4341880/1‑50 CAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGT > 1:3235041/1‑50 CAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGT > 1:278990/1‑50 AGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTT < 1:1225349/50‑1 AGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTT > 1:4362890/1‑50 AGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTT < 1:3586209/50‑1 AGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGT < 1:1305054/50‑1 AGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGT > 1:574056/1‑50 GAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTC < 1:4217650/50‑1 AGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCA < 1:1207057/50‑1 CGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGG < 1:3002496/50‑1 CGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGG > 1:258529/1‑50 GAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGT > 1:1853718/1‑50 GAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGT < 1:2860961/50‑1 TATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAG > 1:664777/1‑50 ATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAG > 1:1778726/1‑49 TCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGA > 1:1205450/1‑50 TCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGA > 1:1553436/1‑50 CATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGAT > 1:1228293/1‑50 ATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGAT < 1:1341334/49‑1 TTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGG < 1:686148/50‑1 GCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGT > 1:326575/1‑49 CCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGT > 1:4115043/1‑48 CGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAG < 1:3086940/50‑1 CGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAG < 1:4183110/50‑1 GTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGG > 1:4171544/1‑49 GTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGG > 1:2000914/1‑49 GTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGG > 1:1335290/1‑49 TTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCA < 1:3075753/50‑1 TTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCA > 1:2250220/1‑50 TTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCA < 1:1030302/50‑1 GCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCT < 1:1016790/50‑1 GCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCT < 1:422565/50‑1 GCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCT > 1:3551631/1‑50 CGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTG < 1:2390026/50‑1 AGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCT < 1:2243964/50‑1 AGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCT < 1:2055210/50‑1 TTACTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/603416‑603466‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCT > NC_000913/609352‑609400 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |