| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | insH21 | insH21 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499 | 1300697 | 1199 | 85 [0] | [0] 86 | insH21 | insH21 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 75 (1.410) | 52/90 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1299446‑1299498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAA > NC_000913/1300698‑1300746 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC > 1:93282/1‑50ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC > 1:801038/1‑50 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCT < 1:2448819/50‑1 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCT < 1:4452588/50‑1 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC > 1:775725/1‑49 AATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCT > 1:3093805/1‑49 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:3851318/49‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA > 1:2159911/1‑49 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA < 1:298238/50‑1 TGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:68818/1‑49 TGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:3547501/1‑49 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT < 1:4230327/49‑1 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT < 1:29994/49‑1 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT < 1:2105320/49‑1 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT < 1:332084/49‑1 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT > 1:4153123/1‑49 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT < 1:1585044/49‑1 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT > 1:1205153/1‑49 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:4364480/1‑50 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA < 1:2429868/50‑1 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:2060882/1‑50 AATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:894143/1‑49 ATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATA < 1:163930/50‑1 TGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAA < 1:2919079/50‑1 TGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAA > 1:744650/1‑50 TGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAA > 1:2426081/1‑50 GATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAAT > 1:56672/1‑50 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAAT < 1:320552/49‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAAT > 1:978114/1‑49 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAAT < 1:1471703/49‑1 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA > 1:3157324/1‑50 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA > 1:3975778/1‑50 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAAT > 1:2372581/1‑50 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAAT < 1:1787658/50‑1 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT > 1:1789338/1‑50 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT > 1:779108/1‑50 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT < 1:592841/49‑1 TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT < 1:163621/50‑1 TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT > 1:906962/1‑50 TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTG < 1:2864840/49‑1 AATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTT > 1:3046567/1‑49 TTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAA > 1:4423479/1‑50 TCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:1514392/1‑50 TCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:1224466/1‑50 CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATT < 1:2288248/50‑1 CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT < 1:655303/49‑1 CACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTA < 1:707814/50‑1 CACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTA > 1:2318330/1‑50 CACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATT < 1:1198085/49‑1 CACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATT < 1:2879075/49‑1 ACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTAT > 1:596814/1‑50 ACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTAT > 1:488312/1‑50 ACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTAT < 1:3050628/50‑1 CCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG < 1:3342916/50‑1 CCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTG < 1:1562527/48‑1 CTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG > 1:3632387/1‑49 CTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG > 1:1299657/1‑49 CTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG > 1:4343656/1‑49 TTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCA > 1:2094881/1‑50 TGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATT > 1:2650294/1‑50 TGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCA < 1:923369/48‑1 TGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCA < 1:4313935/48‑1 GGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT > 1:2865784/1‑50 GGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT > 1:14902/1‑50 GTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTC < 1:3055756/50‑1 GTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTC < 1:3212561/50‑1 GTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT < 1:773363/49‑1 GTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT < 1:622200/49‑1 TAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA < 1:2953418/50‑1 GAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC < 1:2011907/49‑1 GAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:60577/1‑49 GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTAC < 1:1993386/50‑1 GAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACT < 1:270245/50‑1 GAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACT < 1:3850014/50‑1 GAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACT > 1:3220976/1‑50 AAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG > 1:920439/1‑50 AAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG > 1:571754/1‑50 AAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG > 1:4202557/1‑49 AGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGG > 1:3954396/1‑49 GTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAA < 1:1207581/50‑1 GTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAA > 1:180469/1‑50 TGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAC < 1:4240080/50‑1 GCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACT > 1:3693520/1‑50 CTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTG < 1:1427486/50‑1 CTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTG > 1:572811/1‑50 CTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTG > 1:26739/1‑50 CTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACT < 1:2035754/49‑1 CTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACT < 1:1243608/49‑1 AAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGT > 1:390211/1‑49 AATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAA < 1:4294460/50‑1 AATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAA > 1:962714/1‑50 AATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA < 1:2581608/49‑1 AATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGT < 1:1331865/48‑1 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1299446‑1299498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAA > NC_000913/1300698‑1300746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |